UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés


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UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes
Naturels et Anthropisés

Stage de recherche M2 : Évaluer l'impact des modes de gestion sur les communautés benthiques des étangs de la Dombes par analyse de l'ADN environnemental

Les étangs renferment une biodiversité remarquable et fournissent des fonctions et des services écosystémiques essentielles allant de la fourniture d'habitats à la pisciculture en passant par les recyclage des nutriments et du carbone. La région de la Dombes renferme plus de 1100 étangs. Cet ensemble, classé comme zone humide d’importance internationale en raison de sa biodiversité exceptionnelle, représente la plus importante région pour la pisciculture continentale en France. Les étangs y sont gérés de manière différenciée et si certains ne sont pas activement entretenus, la plupart sont régis par des cycles de mises en eau de 4-5 ans puis une mise en assec d'un an, avec des pratiques variées (i.e., supplémentation de nourriture, fertilisation, chaulage). L'objectif de ce stage est ainsi d'évaluer l'impact des différents modes de gestions sur la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés sédimentaires. Plus largement, ce stage s'inscrit dans le cadre d'un projet de recherche collaboratif visant à mieux comprendre les conséquences des interventions humaines sur la biodiversité et le fonctionnement des étangs, et à adapter les modes de gestion.

            Ce travail sera basé sur une analyse de l'ADN environnemental contenu dans les sédiments par une approche de metabarcoding ADN (i.e., l'identification simultanée par séquençage haut-débit de taxons à partir d'échantillons environnementaux contenant de l'ADN de différentes espèces vivant dans le milieu) afin de caractériser les communautés benthiques. Les échantillons ont été collectés à l'automne 2022 sur >20 étangs sujets à différents modes de gestion et soumis à différents stresseurs, et feront l'objet d'une extraction d'ADN prochainement. Sous la supervision des encadrants, l'étudiant aura pour mission, dans un premier temps, d'appliquer une approche de metabarcoding d'ADN environnemental afin de caractériser d'un point de vue taxonomique les communautés vivant ou interagissant avec ce substrat. Par la suite, la composition et la structure (diversité alpha-, beta, etc.) de ces communautés benthiques sera analysée en relation les conditions environnementales locales afin de mettre en évidence les réponses des assemblages sédimentaires aux différents modes de gestion. Enfin, nous chercherons à caractériser ces communautés d'un point de vue fonctionnel par comparaison avec des bases de références. Ces résultats pourront in fine être croisés avec d'autres données déjà collectées dans la zone d'étude concernant les macro-invertébrés, la végétation et le fonctionnement des étangs. Par ailleurs, ces suivis ayant vocation à être répétés de manière saisonnière, le stage inclura également une partie de terrain où l'étudiant participera à la collection d'échantillons sur les étangs de la Dombes. 

Profil recherché :

- Formation en écologie

- Intérêts pour les techniques de suivi de biodiversité basé sur l'ADN environnemental

- Intérêts pour la gestion des hydrosystèmes continentaux

- Goût pour le travail de terrain et de laboratoire

- Maitrise du logiciel R

- Une expérience sur les techniques d'analyse d'ADN (extraction, PCRs...) serait un plus

- Des bases en programmation serait un plus

- Rigueur, capacité de rédaction et de communication en français et en anglais

Conditions de travail :

- Stage de 6 mois, à partir de janvier 2023

- Localisation : Laboratoire d'Écologie des Hydosystèmes Naturels et Anthropisés, Université Lyon 1, Campus de la Doua, Villeurbanne (69)

- Travail de terrain dans la Dombes (45 min de Lyon) à prévoir

Contacts :

Dr Johan Pansu, LEHNA, Université Claude Bernard Lyon 1,

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Pr Björn Wissel, LEHNA, Université Claude Bernard Lyon 1,

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