UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés


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UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes
Naturels et Anthropisés

BILE claire
Stagiaire

Master 2 : E2C

Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
3, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE

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  • Je suis étudiante en M2 Biodiversité, écologie et évolution à l'université Claude Bernard Lyon 1. Des travaux récents (Dorant et al. 20201, Cayuela et al. 20212) suggèrent que les variations de température pourraient influencer l’évolution de certains variants structuraux. En particulier, ces travaux suggèrent une relation entre les variations de température le long des gradients thermiques et la variation du nombre de copies (CNV) détectée à certains loci. L’objectif de mon stage, sous la direction de JP Léna et H Cayuela et en collaboration avec Q Rougemont (CEFE, Univ. Montpellier), sera d’examiner les associations CNV-température chez des espèces de poissons et d’amphibiens. Sur la base de précédents travaux chez les poissons (Chen et al. 20083, Cayuela et al. 20212), je testerai l’hypothèse que, dans les environnements froids de l’hémisphère nord, les génomes tendent à présenter des CNVs avec un nombre important de copies.

    Pour cela, j’utiliserai des données de séquençage RADseq publiées pour huit espèces dont les populations sont distribuées sur des gradient de température en Europe et en Amérique du nord. Dans un premier temps, j’identifierai des loci CNV putatifs (régions géniques, inter-géniques et ADNs répétés) pour ces huit espèces. Puis j’analyserai si et comment la profondeur de séquençage normalisée (un proxy pour l’accumulation du nombre de copies) de ces loci est corrélée à la température. Enfin, j’évaluerai le rôle potentiel fonctionnel des CNVs candidats associés à la température dans l’adaptation au froid chez les vertébrés ectothermes.

    Réf : [1https://doi.org/10.1111/mec.15565">https://doi.org/10.1111/mec.15565 ; [2https://doi.org/10.1111/1365-2656.13545">https://doi.org/10.1111/1365-2656.13545 ; [3https://doi.org/10.1073/pnas.0802432105">https://doi.org/10.1073/pnas.0802432105

    I am currently a second-year master student in Biodiversity and Ecology at Université Claude Bernard Lyon 1. Recent studies (Dorant et al., 2020 1, Cayuela et al.,20212) suggest that temperature variations could influence the evolution of some structural variants. More precisely, these studies suggest a relationship between the temperature variance among thermal gradient and the copy number variation observed in some loci. During this internship, supervised by JP. Léna et H. Cayuela and in collaboration with Q. Rougemont (CEFE, Univ.Montpellier), I will examinate the CNV-Temperature associations among fishes and amphibians.  Based on precedent studies on fishes (Chen et al. 20083, Cayuela et al. 20212), I will test the hypothesis that in cold environments of the North hemisphere, genomes tend to present CNVs with an important number of copies. Therefore, I will use RADseq data already published for eight species whose populations are distributed on a temperature gradient in Europe and North America. Firstly, I will identify the putative CNV loci (genic regions, inter-genic regions and repeated DNAs) for these eight species. Then, I will analyse if and how the sequencing depth (a proxy for the accumulation of copies) of these loci is associated to colder temperatures. Finally, I will evaluate the potential functional role of putative CNVs associated to temperature on the adaptation to cold among ectothermic vertebrates.

    Réf : [1https://doi.org/10.1111/mec.15565">https://doi.org/10.1111/mec.15565 ; [2https://doi.org/10.1111/1365-2656.13545">https://doi.org/10.1111/1365-2656.13545 ; [3https://doi.org/10.1073/pnas.0802432105">https://doi.org/10.1073/pnas.0802432105

Site de la Doua
Université Claude Bernard - Lyon I
CNRS, UMR 5023 - LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés)
3-6, rue Raphaël Dubois - Bâtiments Darwin C & Forel, 69622 Villeurbanne Cedex
43, Boulevard du 11 novembre 1918
Plan d'accès
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69518 Vaulx-en-Velin
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