UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés


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UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes
Naturels et Anthropisés

KAUFMANN Bernard
Maître de Conférences

Enseignant chercheur : E2C

Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
3, rue Raphaël Dubois - Bât. Darwin C
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE

(+33) 04 72 44 79 53 (+33) 04 72 43 11 41

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Parcours

2001- Maître de conférences, Université Claude Bernard Lyon 1
1996-1998 Post-Doctoral Fellowship La Trobe University (Victoria, Australia)
1996 Doctorat de l'Université Paul Sabatier (Toulouse III) « organisation socio-génétique de la fourmi d'Argentine Linepithema humile), sous la direction de L. Passera et J. J. Boomsma




  • Mots-clés : Ecologie Urbaine, Génétique de la Conservation, Génétique du Paysage, Invasions Biologiques, Insectes Sociaux, Grandes Infrastructures de Transport
     
    Mes thématiques de recherche
    Mes activités de recherche ont depuis ma thèse porté sur la génétique sociale et la génétique des populations, aujourd’hui à l’échelle du paysage. La compréhension de cette la structuration génétique des populations et des sociétés permet de répondre autant à des questions évolutives fondamentales, comme l’importance de la variabilité génétique au sein des colonies d’insectes sociaux, ou plus appliquées comme la dispersion d’amphibiens confrontés à des grandes infrastructures de transport comme les autoroutes et voies ferrées (thèse de Jérôme Prunier, voir plus bas), ou encore des isopodes aquatiques (thèse de Cécile Capderrey voir plus bas) dans un contexte sédimentaire complexe. L’outil moléculaire est bien entendu essentiel dans mon travail, comme les allozymes pendant mon doctorat, puis les marqueurs microsatellites et le travail sur les séquences.
    Le second thème qui percole dans mon parcours, c’est celui des espèces invasives – ma thèse a porté sur la fourmi d’Argentine, j’ai participé à des travaux sur les grenouilles vertes ou sur un carabidé invasif des îles subantarctiques (thèse de Lisa Lalouette, voir plus bas). Des travaux sur Lasius neglectus, une fourmi invasive omniprésente dans la vallée du Rhône sont en cours de publication.
    Je concentre aujourd’hui mes activités en Ecologie Urbaine, sur le thème de la biodiversité en ville, au niveau des paysages, des communautés et des populations (p.ex. projet URBIEAU). J’encadre avec Bernard GAUTHIEZ (UMR 5600 EVS, directeur de la thèse) la thèse d’Arnaud Bellec qui porte sur la dynamique de la végétation dans l’espace lyonnais de 1950 à nos jours (thèse UdL 2015-2018).
    La famille des Formicidés (les fourmis) a toujours occupé une place importante dans mon travail, tant en recherche qu’en enseignement. C’est un modèle biologique fascinant par de nombreux aspects comme l’organisation et le comportement social, mais aussi par son écologie. Les fourmis sont en effet un élément essentiel de la plupart des écosystèmes terrestres et rivulaires, par leurs activités de bioturbation et de prédation, ainsi que par les ressources alimentaires qu’elles constituent pour de nombreux vertébrés. Elles sont aussi un élément omniprésent de la biodiversité urbaine. Dans mes projets actuels, les fourmis sont le modèle de la thèse que J. Gippet (que j’ai co-encadré avec Nathalie Mondy) vient de terminer (15/12/2016). Elles sont aussi le modèle de la thèse de M. Cordonnier (2015-2018) co-encadrée avec Gilles Escarguel (UMR 5023 LEHNA). Je travaille aussi sur les fourmis liées aux papillons du genre Maculinea.

    Mes projets de recherche en cours
    (des plus récents aux plus anciens, mise à jour 03/2017)
    Un outil pour évaluer la fonctionnalité des trames écologiques
    09/2015-09/2017

    Ce projet est financé par le Conseil Départemental de l’Isère. Les trames écologiques constituent un outil de gestion de la biodiversité dont la fonctionnalité est mal évaluée car il existe peu d’outils permettant de la mesurer. Notre projet testera à la fois la diversité des communautés et la génétique du paysage comparée, comme outil d’évaluation de la fonctionnalité de la sous-trame des milieux thermophiles secs en Nord-Isère, en s’appuyant sur les sites du REDI.

    Le projet a déjà donné lieu au stage de M2 BEEB (Université Claude Bernard Lyon 1) de Tommy Faure-Brac (2016) qui a porté sur l’échantillonnage de 60 pelouses sèches dont les communautés de fourmis ont été caractérisées. Les résultats sont en cours d’analyse.
     
    Impact comparé et multi-échelles de l’urbanisation sur les flux de gènes et l’hybridation au sein des communautés de Formicidae
    Thèse de Marion Cordonnier, direction B. Kaufmann et G. Escarguel, 01/10/2015-

    Cette thèse a pour objectif de comprendre comment urbanisation et climat affectent la distribution et les flux de gènes au sein des communautés. Elle repose sur un échantillonnage génétique de 20 villes et leurs campagnes positionnées dans un gradient thermique de 4°C Nord-Sud entre Arles et Langres. Le modèle biologique choisi est celui des fourmis du genre Tetramorium dont nous avons montré (Thèse de J. Gippet et Stage de M2R de M. Cordonnier) qu’elles étaient très présentes en ville et s’hybridaient facilement entre espèces proches.
     
    Projet ARMATURE

    Ce projet pluridisciplinaire (Géographie, Sciences de l’information et Ecologie) est financé par le LABEX IMU (2015-2018), avec comme porteur du projet B. Gauthiez (UMR 5600 EVS). Il a pour objectif de retracer et de comprendre la dynamique de la végétation sur l’espace de Grand Lyon Métropole, tant dans l’espace public que privé. La méthode choisie est de réaliser une classification semi-automatique de l’occupation des sols à partir des photographies aériennes disponibles entre 1954 et 2009, à une échelle de pixels d’un mètre de côté. Ce projet a permis de financer la thèse en cours :
    La dynamique spatiale de la végétation dans l’espace lyonnais, 1950-2030
    Thèse d’Arnaud Bellec (01/2015-01/2018, direction B. Gauthiez et B. Kaufmann).
    Les premiers résultats de la thèse sont à retrouver sur le site web dédié :
    Pour consulter le projet :
     
     
    Réponses à l’urbanisation des communautés biologiques, des populations
    et des individus chez les Formicidés
    Thèse de Jérôme Gippet (01 Octobre 2013- 15 Décembre 2016),
    direction N. Mondy et B. Kaufmann
     
    RÉSUMÉ
    L’urbanisation est un processus complexe tant par les mécanismes historiques, sociaux, économiques et environnementaux qu’il implique que par les multiples modifications qu’il provoque au sein des écosystèmes. Ainsi, les paysages urbanisés sont soumis à des changements spatialement et temporellement abrupts des conditions environnementales comme la température au sol et dans l’air, la fragmentation des habitats et les concentrations de divers polluants. Pourtant, malgré leur apparente inhospitalité pour la biodiversité, les milieux urbanisés sont de véritables écosystèmes où de nombreuses espèces, natives et invasives, sont capables de survivre et même de prospérer. L’ « écosystème urbain » est désormais considéré comme un élément important du fonctionnement des environnements densément peuplés, de la santé et du bien être humain ainsi que de la conservation de la biodiversité. De manière plus fondamentale, l’urbanisation, au même titre que le changement climatique et les processus d’invasions biologiques, est une « expérience grandeur nature » nous offrant l’opportunité de comprendre les règles d’assemblage des communautés biologiques, les processus de sélection d’habitat et de dispersion ou encore les processus évolutifs d’adaptation et de diversification. Ce travail s’inscrit dans ce cadre de pensée en se proposant d’étudier les conséquences écologiques et évolutives de l’urbanisation à différents niveaux d’organisations biologiques chez les Formicidae.
    Cette thèse comprend 4 chapitres s’organisant autour des thèmes et questions suivants :
    Chapitre 1 : Urbanisation et communautés biologiques : Comment l’urbanisation affecte-t-elle la distribution des espèces à l’échelle du paysage ?
    Chapitre 2 : Urbanisation et dispersion par l’être humain : Conceptualisation et modélisation du rôle des activités humaines et des réseaux de transports dans la dispersion d’espèces.
    Chapitre 3 : Urbanisation et interactions biotiques : L’urbanisation affecte-t-elle les patrons de co-invasions d’un couple invasif hôte-parasite introduits indépendamment ?
    Chapitre 4 : Urbanisation et variations intraspécifiques : Les populations urbaines et rurales présentent-elles des différences de traits biologiques ?
    Nos résultats démontrent qu’en tant que changement multifactoriel, l’urbanisation affecte de manière complexe la composition des communautés biologiques en modifiant de manière idiosyncrasique la distribution des espèces natives et invasives. En effet, chacune des 7 espèces de fourmis étudiées était affecté par une combinaison unique de facteur environnementaux associés à l’urbanisation (p.ex. fragmentation des milieux ouverts, température de surface) mais également au climat (Chapitre 1, Gippet et al. 2016 Urban Ecosystems).
    Parce qu’ils concentrent des activités humaines, les paysages urbanisés sont le théâtre de multiples invasions biologiques. En effet, l’être humain déplace de nombreuses espèces, leur permettant de franchir des barrières biogéographiques mais aussi de se propager au sein des paysages. Afin de provoquer la discussion autour du concept de la dispersion des espèces par l’Homme, nous proposons un nouveau point de vue général centré sur les activités humaines (Chapitre 2, Partie 1, Gippet et al. soumis) ainsi qu’un modèle de propagation secondaire d’espèce invasive par les activités humaines : MoRIS, dont la principale innovation est d’utiliser la structure du réseau de transport pour influencer la direction des événements de dispersion (Chapitre 2, Partie 2, Gippet et al. In prep).


    Le Projet URBIEAU
    Financé par le Labex IMU
    http://imu.universite-lyon.fr/ en 2013


    Résumé du projet
    La « nature » en ville est aujourd’hui entrée dans le vocabulaire des gestionnaires et planificateurs des villes du 21ème siècle, ainsi que dans celui des politiques et du public (par ex. « Plan restaurer et valoriser la Nature en Ville », 2010). La « nature » en ville est associée à des fonctions (par ex. trame verte pour la biodiversité, bien-être des habitants) ou des services (par ex. gestion des eaux pluviales, mitigation des ilots de chaleur urbains) faisant l’objet de listes préconçues et rarement testées localement. Les espaces verts ou espaces végétalisés urbains, organisés en « infrastructure verte » sont des éléments particuliers et omniprésents de nature en ville. Ils sont particuliers par les pratiques de gestion qu’ils nécessitent et par le fait que ce sont des espaces publics à part entière de la ville. Leur multifonctionnalité est une justification de leur existence et de leur extension dans la plupart des villes du monde. Ce sont des « éléments de nature en ville », utilisés par les publics urbains et permettant d’offrir une alternative pour la gestion des eaux pluviales.
    L’objectif premier de ce projet URBIEAU est donc de confronter à leur pertinence les fonctions les plus fréquemment attribuées aux espaces végétalisés en utilisant les méthodes des trois champs disciplinaires suivants :
    1) fonction d’accueil des usages assurée par les modalités de gestion des acteurs : les espaces végétalisés sont conçus et gérés pour offrir aux usagers une offre en services directement perceptibles (récréation, agrément, sport …), ou plus discrets (effets sur la santé, la convivialité par ex.) ; pour les gestionnaires, la destination de chaque espace et les contraintes technico-économiques inhérentes vont induire un mode ou une motivation de gestion spécifique. Ce sont ces dimensions croisées des usages et modes de gestion qui vont conditionner en premier la forme et le fonctionnement de l’infrastructure verte. Les sciences humaines et sociales, en particulier l’urbanisme et la sociologie, seront mises en œuvre pour aborder ces questions essentielles.
    2) fonction de service hydrologique : les espaces végétalisés peuvent offrir une alternative pour la gestion des eaux pluviales. Au-delà du seul bénéfice de réduire l’imperméabilisation des villes, ces espaces peuvent permettre de réduire les volumes renvoyés au réseau (par infiltration ou évapotranspiration), de différer les pics de débit (par rétention) ou de recharger localement la nappe. L’hydrologie urbaine est donc une discipline essentielle pour évaluer la multifonctionnalité des espaces végétalisés.
    3) fonction de support de biodiversité : les espaces végétalisés forment un support pour la biodiversité, les végétaux plantés étant exclus de la biodiversité parce qu’ils sont apportés par le gestionnaire et en général interdits de reproduction, même si ce sont des êtres vivants qui vont évoluer au cours du temps. La biodiversité supportée est spontanée et colonise les espaces végétalisés tout au long de leur existence ; elle utilise les dispositifs 1) comme simples points de passage, on parle alors de connectivité, 2) comme zones de nourrissage ou juste pour une phase courte de son existence, on parle alors de ressource, 3) pour y vivre et se reproduire, on parle alors d’habitat. Les outils et méthodes de l’écologie « biologique » permettent d évaluer la pertinence des espaces végétalisés pour ces trois aspects.
    Ces trois fonctions des espaces végétalisés : accueil des usages, gestion des eaux pluviales et support de biodiversité, sont les plus souvent citées dans les articles de synthèse destinés aux scientifiques (par ex. Beer 2010 ou Pauleit et al., 2011) autant que dans les documents pour le grand public (par exemple , « Plan restaurer et valoriser la Nature en Ville », 2010). Elles sont invoquées pour justifier des politiques d’organisation de la ville, tout en n’étant jamais évaluées simultanément pour un même espace. C’est la multifonctionnalité que le projet URBIEAU a pour vocation de mesurer et de tester sur une infrastructure verte focale.
    Celle-ci est un ensemble urbain à l’échelle du quartier, disposant d’espaces végétalisés qui seront étudiés en tant que dispositifs techniques individuels. L’ensemble urbain choisi est l’Ecocampus de la Doua, qui dispose d’un réseau d’espaces végétalisés de fonctions à priori variées, dont la gestion est majoritairement confiée au SIDD, partenaire de ce projet. La commune de Villeurbanne et la communauté d’agglomération du Grand Lyon, qui seront à terme appelés à gérer une partie de la voirie et des espaces verts de l’écocampus, et qui souhaitent bénéficier d’activités scientifiques pouvant conseiller leur action, sont elles aussi partenaires du projet.


    Conservation des pelouses sèches à Azuré du Serpolet (Maculinea arion) : déterminisme des interactions entre communautés de papillons Lycénidés et de fourmis

    Projet Biodiversité financé en 2012 par le CG de l’Isère, et aujourd’hui en cours de valorisation. Il a notamment permis de tester un protocole d’inventaire aisé à répliquer sur le terrain et destiné à être répété par les gestionnaires d’espaces impliqués dans le Plan National d’Actions en faveur des Maculinea (http://maculinea.pnaopie.fr/). 3 rapports issus de ce projet et produits en 2013 par un étudiant de L3 BOP, un étudiant de Licence Pro ATIB et une étudiante en M2 Pro BEEB, sont téléchargeables ici. Un protocole d’échantillonnage rapide des fourmis dans le cadre d’études sur les Maculinea est aussi à votre disposition
    Rapport M2Pro BEEB G. Chmargounof 2013
    Rapport L3 BOP T. Colin 2013
    Rapport L3 Pro ATIB E. Francius 2013
    Protocole Echantillonnage, version 2014

     
    Evaluation des risques d’invasions combinées plantes-fourmis en vallée du Rhône et Bas Dauphiné

    Projet Biodiversité financé en 2010 par le CG de l’Isère et aujourd’hui terminé, mais les données scientifiques recueillies dans le cadre de ce projet sont en pleine valorisation, notamment dans le cadre de la thèse de J. Gippet.
    Rapport M2Pro BEEB L. Mistler 2011
    Rapport M2R EEB J. Gippet 2013
     

    Biodiversité des bassins d’infiltration du Grand Lyon

    Dans le cadre de l’OTHU (http://www.graie.org/othu/). L’objectif de cette étude est d’évaluer l’importance potentielle des bords et fonds des bassins d’infiltration pour la biodiversité urbaine. Ce serait un bon exemple de multifonctionnalité d’équipements techniques urbains. Les groupes étudiés sont les Fourmis et les Araignées.
    Une fiche technique OTHU est en préparation.

    Participation à l’encadrement de doctorants :

    2013. Cécile Capderrey : Effets de la géomorphologie des rivières en tresses sur les communautés d'invertébrés aquatiques et sur la structuration génétique des populations du crustacé isopode souterrain Proasellus walteri
    Capderrey, C., Kaufmann, B., Jean, P., Malard, F., Konecny-Dupré, L., Lefébure T., Douady, C.J., 2013 - Microsatellite Development and First Population Size Estimates for the Groundwater Isopod Proasellus walteri. Plos One, 8(9) e76213 : 1-10.
    2012. Jérôme Prunier : L’échantillonnage individu-centré en génétique du paysage : Etude de l’impact de la fragmentation d’origine anthropique sur la dispersion du triton alpestre Ichthyosaura alpestris
    Prunier J.G., Kaufmann B., Lena, J.P., Fenet S., Pompanon F., Joly P., 2013. A forty-year-old divided highway does not prevent gene flow in the alpine newt Ichthyosaura alpestris. Conservation Genetics (in press. DOI: 10.1007/s10592-013-0553-0)
    Prunier J.G., Kaufmann B., Fenet S., Picard D., Pompanon F., Joly P., Lena, J.P., 2013. Optimizing the trade-off between spatial and genetic sampling efforts in patchy populations: towards a better assessment of functional connectivity using an individual-based sampling scheme. Molecular Ecology 22, 5516–5530 (doi: 10.1111/mec.12499)
    Prunier, J., Kaufmann, B., Grolet, O., Picard, D., Pompanon, F., Joly, P., 2012 - Skin swabbing as a new efficient DNA sampling technique in amphibians, and 14 new microsatellite markers in the alpine newt (Ichthyosaura alpestris). Molecular Ecology Resources, 12(3) : 524-531.
    2011. Lisa Lalouette : Impact de l'activité anthropique et des changements climatiques sur le succès envahissant de Merizodus soledadinus (Coleoptera, Carabidae) introduit aux îles Kerguelen
    Lalouette, L., Kaufmann, B., Konecny, L., Renault, D., Douady, C.D., 2009 - Characterization and PCR multiplexing of 14 new polymorphic microsatellite loci for the invasive subantarctic carabid Merizodus soledadinus (Coleoptera: Carabidae). Conservation Genetics Resources, 1(1) : 455-458.

    Mes collaborations

    Au sein de l’équipe E2C : avec N. Mondy et J-P. Léna, Impacts de l’Urbanisation sur les Communautés, les Populations et les Individus.

    Au sein du LEHNA, avec l’équipe E3S : C. Douady et F. Mallard, génétique des populations de Proasellus walteri

    Avec Frédéric Cherqui, EA CNRS 4126 LGCIE http://lgcie.insa-lyon.fr/index.php?Rub=2 : Projet URBIEAU

    Avec B. Seifert, du Musée Senkenberg d’Histoire Naturelle de Görlitz (http://www.senckenberg.de/root/index.php?page_id=5257&PHPSESSID=fplv3659pmfv6k027jsci6vaqb0d2ph9) : systématique et écologie du genre Tapinoma en Europe

    Avec D. Renault , UMR CNRS 6553 ECOBIO à Rennes (http://ecobio.univ-rennes1.fr/news.php) : génétique de l’invasion de Merizodus soledadinus sur l’archipel de Kerguelen
    Avec J. Prunier, pour la génétique du paysage liée à sa thèse et à celle de J. Gippet http://www.jeromeprunier.eg2.fr/4.html
     
    Les organismes auxquels je suis associé

    Labex IMU : http://imu.universite-lyon.fr/ en tant que Président du conseil scientifique
    OTHU (Observatoire de terrain en Hydrologie Urbaine) :http://www.graie.org/othu/projet Biodiversité des Bassins d’Infiltration du Grand Lyon
    ZABR (Zone Atelier Bassin du Rhône) : http://www.graie.org/zabr/
    CEN Auvergne-Rhône-Alpes (Conservatoire d’Espace Naturels): en tant que membre du Conseil Scientifique, http://www.cen-rhonealpes.fr/
    Réserve Naturelle Nationale du Marais de Lavours (01): en tant que membre du Conseil Scientifique, http://www.reserve-lavours.com/
    Réserve Naturelle Nationale de la Grotte de Hautecourt (01): en tant que membre du Conseil Scientifique.

    Les liens avec l’enseignement

    J’essaie autant que possible d’associer mes enseignements à mes recherches, certains éléments de mes projets se prêtant fort bien au transfert des compétences et des connaissances.
    En Licence Pro ATIB (UE MTO) et en L3 BOP (UE Techniques d’Identification de la Biodiversité) j’ai pu en 2013 faire participer les étudiants à l’inventaire des fourmis des pelouses sèches de l’Isle Crémieux, en lien avec la présence du papillon protégé Maculinea arion, l’Azuré du Serpolet. Auparavant, nous avions échantillonné des pelouses humides des Marais de la Léchère de Molletunay (2011) et du marais de Charvas (2010) pour AVENIR, le Conservatoire d’Espaces Naturels de l’Isère (http://avenir.38.free.fr/)
    En M1 Ecosciences, Microbiologie, c’est l’UE de Biologie du Comportement qui a permis de faire participer les étudiants à un travail de détermination du nombre de supercolonies de la fourmi invasive Lasius neglectus, dans la région lyonnaise, trois années de suite (2011 à 2013), chaque année venant apporter de nouvelles informations La première année des tests d’agressivité réalisés sur le terrain ont montré que ces fourmis étaient parfois très agressives entre elles, ce qui contredisait la littérature. En 2012, les tests réalisés en laboratoire, filmés en conditions contrôlées, confirmaient les tests de terrain, et révélaient l’existence de 2 ensemble (8 et 4 populations) agressifs l’un envers l’autre. En 2013, deux autres ensembles nouveaux étaient découverts. Pour valoriser ces résultats, nous avons dès 2012 génotypé les colonies testées, et pour celles de 2012, nos collègues de Tours (J-L Mercier) a procédé à l’analyse des composés chimiques de la cuticule de fourmis des deux ensembles inter-agressifs. Les résultats sont aujourd’hui en cours d’analyse pour publication.

     
    Offres de stage

    Je cherche chaque année des stagiaires de L2, L3 ou M1 pour la période du 01/04 au 31/07, que ce soit en stage obligatoire ou en stage libre. Les stages peuvent porter sur tous les projets de recherche en cours, et comprendront des périodes de terrain et de laboratoire. Si vous êtes intéressé(e), n’hésitez pas me contacter.
  • Responsabilités

    Responsable du parcours Biologie des Organismes et des Populations (BOP), de la Licence STS mention Sciences de la Vie (2011-)
    Le parcours BOP a pour objectif de former des étudiants se destinant à des carrières dans les domaines de l’environnement, l’écologie, l’évolution et la biologie végétale. Notre parcours forme aussi bien pour la recherche que pour le monde de l’entreprise, les associations ou les employeurs publics.

    La poursuite d’études après une licence BOP peut se faire en Master à l’Université ou en Ecole d’Ingénieur Agronome. Les Masters les plus choisis par les étudiants sont les masters d’écologie (à Lyon, Dijon ou Montpellier principalement), d’éthologie (à Rennes, Paris XIII ou Saint-Etienne), de Biologie Végétale (en particulier Phyto-ressources à Lyon) ou d’Océanographie (Brest, La Rochelle, Marseille ou Paris). L’école ayant accepté le plus de nos étudiants de L3 est l’ISARA à Lyon.

    Le contenu de la formation permet de construire un ensemble de connaissances et de compétences assez large pour comprendre et analyser la biodiversité, du gène à l’écosystème. Les noms d’UE les plus spécifiques de BOP dans le désordre (Unités d’Enseignement) : Ecologie Générale (L2), Génétique 2 (L2), Zoologie (L2), Botanique (L2), Mathématiques Appliquées à la Biologie (L3), Evolution (L3), Outils Moléculaires pour l’Ecologie et l’Evolution (L3), Ecologie des Communautés (L3), Ecologie et Gestion des Populations (L3), Ecologie Végétale (L3, Conduite de Projets (L3), Ecophysiologie et Vie en Milieux Extrêmes (L3), Génétique et Dynamique des Populations (L3), Techniques d’Identification de la Biodiversité (L3).

    Les stages sont fortement encouragés, dès la première année de Licence. Les mois de Juin et de Juillet sont les mois les plus choisis pour effectuer des stages libres, que ce soit en entreprise, en association ou en laboratoire de recherche. Une convention de stage sera accordée sur l’avis du responsable de formation. Faire un stage, c’est comprendre un milieu professionnel et apprendre la rigueur et la discipline requise dans toutes les professions. C’est aussi et surtout une expérience motivante, qui renforce la volonté de réussir. Une UE de stage (Conduite de Projets) est proposée, en plus des stages libres, sur une période 5 semaines à temps plein entre mi mai et mi juillet ; cette UE est sanctionnée par un rapport (de type scientifique) et d’un oral de 10 minutes, tous deux notés.
    L’équipe pédagogique de la Licence BOP rassemble des enseignants-chercheurs et des chercheurs de tout le département de Biologie de la Faculté des Sciences et Technologies de l’Université Lyon 1. Deux laboratoires sont particulièrement impliqués dans cette formation, dont ils assurent les 4/5 en L3 : le Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (UMR CNRS 5558 LBBE) et le Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (UMR CNRS 5023 LEHNA).


    Enseignements

    En Licence 
    L2 : UE Zoologie (Arthropodes, CM et TP),
    L2 : UE Ecologie Générale (TP Biodiversité du Sol)
    L3 STS Biologie Parcours BOP: UE Techniques d'Identification de la Biodiversité, Stage TP Méthodes d'échantillonnage en milieu terrestre : exemple des Formicidae.

    En Master
    M1 Ecosciences, Microbiologie, Parcours Ecologie : UE Biologie du Comportement, TP Expérimental Reconnaissance Coloniale chez Lasius neglectus.
    M1 Ecosciences, Microbiologie, Parcours Ecologie : UE Dynamique des Ecosystèmes et des Paysages : TD et TP Ecologie Urbaine (avec P. Marmonier)
    M2 Pro Bio-Evaluation et Expertise de la Biodiversité : UE OBB2, Cours de Génétique de la Conservation (3h)
    En Licence Professionnelle ATIB (Analyse et techniques d’identification de la biodiversité)
    UE Milieux Terrestres Ouverts : TD et TP Arthropodes (échantillonnage, identification)
    UE Principes d’Ecologie et de Biologie de la Conservation : CM de Biologie de la Conservation (14h)
    UE Acquisition, Traitement, Diffusion des Données : Anglais scientifique (12h)

    Accueil de stagiaires
    De nombreux stagiaires de L2, L3, M1 et M2 (Pro et Recherche) ont effectué des travaux de recherche ou d’inventaire de biodiversité sous ma direction ces dernières années et je suis toujours à la recherche d’étudiants motivés pour travailler sur le terrain ou en laboratoire. Il ne faut donc pas hésiter à m’envoyer un mail avec un CV.
    Mise à jour 6/01/2014
  • 2017 Gippet, Jérôme ​M.W., Mondy, Nathalie, Diallo-Dudek, Julita, Bellec, Arnaud, Dumet, Adeline, Mistler, Lubiana, Kaufmann, Bernard, 2017 - I’m not like everybody else: urbanization factors shaping spatial distribution of native and invasive ants are species-specific. Urban Ecosystems, 20 : 157–169.

    2017 Seifert, B., D'eustacchio, D., Kaufmann, B., Centorame, M., Lorite, P., Modica, M.V., 2017 - Four species within the supercolonial ants of the Tapinoma nigerrimum complex revealed by integrative taxonomy (Hymenoptera: Formicidae). Myrmecological News, 24 : 123-144.

    2016 Cayuela, H., Lengagne, T., Kaufmann, B., Joly, P., Léna, J.P., 2016 - Larval competition risk shapes male– male competition and mating behavior in an anuran. Behavioral Ecology, 27(6) : 1726–1733.

    2014 Prunier, J.G., Kaufmann, B., Léna, J.P., Fenet, S., Pompanon, F., Joly, P., 2014 - A 40-year-old divided highway does not prevent gene flow in the alpine newt Ichthyosaura alpestris. Conservation Genetics, 15 : 453–468.

    2013 Capderrey, C., Kaufmann, B., Jean, P., Malard, F., Konecny-Dupré, L., Lefébure T., Douady, C.J., 2013 - Microsatellite Development and First Population Size Estimates for the Groundwater Isopod Proasellus walteri. PLoS One, 8(9) e76213 : 1-10.

    2013 Prunier, J. G., Kaufmann, B., Fenet, S., Picard, D., Pompanon, F., Joly, P., Lena, J.P., 2013 - Optimizing the trade-off between spatial and genetic sampling efforts in patchy populations: towards a better assessment of functional connectivity using an individual-based sampling scheme. Molecular Ecology, 22 : 5516–5530.

    2012 Prunier, J., Kaufmann, B., Grolet, O., Picard, D., Pompanon, F., Joly, P., 2012 - Skin swabbing as a new efficient DNA sampling technique in amphibians, and 14 new microsatellite markers in the alpine newt (Ichthyosaura alpestris). Molecular Ecology Resources, 12(3) : 524-531.

Site de la Doua
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