UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés


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UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes
Naturels et Anthropisés

VOISIN Jérémy

Doctorant : E3S

Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE

(+33) 04 72 44 82 59 (+33) 04 72 43 29 45

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co-tutelle UMR 5557 (Lyon 1)

  • Diversité microbienne dans les nappes phréatiques : influence de la connectivité hydrologique sur le transfert et le développement de bactéries pathogènes pour l’Homme

    Les eaux souterraines constituent la principale source d’eau potable en Europe. La protection qualitative et quantitative des eaux souterraines est donc un challenge majeur pour les pays européens. De ce fait, la directive cadre sur l’eau du 23 octobre 2000 fixe l’objectif d’atteindre en 2015 le bon état des eaux superficielles et souterraines sur tout le territoire européen. En lien avec cet objectif, des méthodes dites alternatives de gestion des eaux pluviales sont développées afin d'éviter les risques de crues en ville et la saturation des stations d'épuration lors de temps de pluie. Parmi ces dernières, des bassins d’infiltration sont mis en place dans de nombreuses agglomérations à travers le monde. Tout en limitant les risques d’inondation en ville, ces systèmes permettent une recharge en eau des aquifères. Si l’intérêt des bassins d’infiltration en terme hydrologique n'est plus à démontrer, leur impact potentiel sur la qualité biologique des nappes phréatiques reste peu étudié.

    Afin d’améliorer ces connaissances, ce projet évaluera l'incidence d’une collecte d'eaux de ruissellement en milieu urbain (en prenant en compte la complexité du bassin-versant en terme d’activités anthropiques) sur le transfert, la colonisation et la multiplication de micro-organismes pathogènes dans les nappes phréatiques. Le couplage d'expérimentations de terrain et de laboratoire permettra de tester l'hypothèse selon laquelle l'infiltration des eaux pluviales entrainerait des transferts de matières organiques dissoutes et de micro-organismes qui seraient dépendants des caractéristiques physiques (teneurs en argile, limons, sable) des lits d’infiltration des bassins. Un intérêt particulier sera porté au devenir de bactéries pathogènes de l’homme (e.g. Pseudomonas aeruginosa, Aeromonas caviae, E. coli, etc.) dans ces dispositifs d'infiltration.

    La thèse impliquera :
    - Le développement d’un dispositif original (billes de verre ensachées ou autres supports inertes positionnés dans des piézomètres) pour permettre la fixation et la croissance en biofilm de certaines espèces bactériennes présentes dans les eaux interstitielles des bassins d’infiltration.
    - L’évaluation de l’impact de ses systèmes d’infiltration sur les communautés microbiennes et les bactéries pathogènes en prenant en compte les conditions physico-chimiques des nappes phréatiques. Les analyses microbiologiques impliqueront l’usage de méthodologies classiques mais également celles du domaine de la génomique environnementale.
    - De valider les observations de terrain en laboratoire en étudiant le transfert de bactéries pathogènes grâce à des travaux sur colonnes sédimentaires reprenant certains paramètres clés des bassins d’infiltration.
  • 2012-2013 : Master 2 Recherche Ecologie Microbienne. Université Lyon 1

    5 mois de stage « Dangerosité de Nocardia farcinica et Nocardia cyriacigeorgica et comparaison de leur présence dans trois bassins de rétention d’eaux pluviales » (UMR 5557 Ecologie Microbienne ; Equipe Bactéries Pathogènes Opportunistes et Environnements ; Encadrant : Dr Blaha Didier).

    2011-2012 : Master 1 Ecosciences, microbiologie. Spécialité Microbiologie. Université Lyon 1

    2008-2011 : Licence de biologie. Parcours Microbiologie. Université Lyon 1
  • 2016 Voisin, J., Cournoyer, B.,, Mermillod-Blondin, F., 2016 - Assessment of artificial substrates for evaluating groundwater microbial quality. Ecological Indicators, 71 : 577–586.

    2015 Voisin, J., Cournoyer, B.,, Mermillod-Blondin, F., 2015 - Utilisation de billes de verre comme substrats artificiels pour la caractérisation des communautés microbiennes dans les nappes phréatiques : mise au point méthodologique. La Houille Blanche, 4 : 2-57.

Site de la Doua
Université Claude Bernard - Lyon I
CNRS, UMR 5023 - LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés)
3-6, rue Raphaël Dubois - Bâtiments Darwin C & Forel, 69622 Villeurbanne Cedex
43, Boulevard du 11 novembre 1918
Plan d'accès
Tél. : (33) 4 72 43 29 53 - Fax : (33) 4 72 43 11 41
Site de Vaulx-en-Velin
ENTPE
CNRS, UMR 5023 - LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés)
3, rue Maurice Audin
69518 Vaulx-en-Velin
Plan d'accès
Tél : (33) 04 72 04 70 56 - Fax : (33) 04 72 04 77 43