J'ai commencé ma thèse le 1er avril 2025, portant sur les réponses des communautés microbiennes benthiques à des environnements changeant et conséquences sur le cycle du carbone dans les écosystèmes aquatiques dans un contexte de restauration écologique.
L'objectif de ma thèse est de déterminer comment les variations environnementales impactent la diversité des communautés microbiennes et leur fonctionnement lié au cycle du carbon en utilisant des méthodes omiques (métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique). Un premier cas d'étude se concentre sur les communautés procaryotiques benthiques de lônes (i.e. cours d'eau annexes) du Rhône et l'influence de la connectivité hydrologique dans un programme de restauration hydrologique à long-termes appelé RhônEco. Le second cas d'étude s'intéresse aux effets des grands herbivores sur les communautés microbiennes de marres du Mozambique dans un contexte de ré-ensauvagement dans le Parc National de Gorongosa.
Pour mener à bien ce projet, cette thèse est dirigée par Johan Pansu (LEHNA - équipe BAH), co-dirigée par Mylène Hugoni (MAP) et encadrée par Vincent Navratil (PRABI-AMSB).

Mots-clés : ré-ensauvagement ; cascades trophiques ; zoogéochimie ; hydrosystèmes tropicaux ; méthodes omiques ; gaz à effet de serre

I started my PhD on April 2025, about the responses of benthic microbial community to changing environments and consequences on carbon cycling in freshwater ecosystems: Applications to ecological restoration in different ecological contexts.
The aim of my thesis is to determine how environmental variations impact microbial communities’ diversity and functioning related to carbon cycling using omics methods (metabarcoding, metagenomics, metatranscriptomics). A first case of study focuses on Rhône’s sidearms benthic prokaryotic communities and the influence of hydrological connectivity in a long-term hydrologic restauration program named RhônEco. A second one focuses on the effect of large herbivores on microbial communities in Mozambican ponds in a context of large herbivores reintroduction in Gorongosa National Park.
To carry out this project, my PhD is directed by Johan Pansu (LEHNA - BAH team), co-directed by Mylène Hugoni (MAP) and supervised by Vincent Navratil (PRABI-AMSB).

Key-words: trophic rewilding ; trophic cascades ; zoogeochemistry ; tropical hydrosystems ; omics ; greenhouse gases