Organisation

Ce pôle est constitué de 3 plateaux techniques :

1. Description et identification de la biodiversité en écologie et environnement (DIBEE),
2. Ecologie moléculaire (EcoMol),
3. Bioénergétiques-Hormones-Stress oxydant (Enerho-ox).

Chaque plateau technique est géré par un.e référent.e scientifique et un.e référent.e technique (cf. organigramme).

Fonctionnement et Action

L’animateur et les responsables des plateaux se réunissent régulièrement, avec l’ensemble des utilisatrices et utilisateurs du pôle, avec pour objectifs :

1. de rationaliser le fonctionnement des différents équipements (maintenance, révision et jouvence des équipements) ;
2. de soutenir et d’accompagner les projets scientifiques par un partage d’expériences ;
3. d’accompagner le développement de nouvelles méthodes ;
4. de définir une stratégie d’investissements et de postes afin de consolider l’activité des plateaux techniques et nourrir les discussions au sein du Conseil Scientifique et de Vie du Laboratoire ;
5. d’assurer la visibilité et la communication des activités du pôle technique à l’ensemble des personnels de l’unité (posters, séminaires techniques).

Le pôle soutient un dialogue avec différentes infrastructures techniques de la fédération de recherche BioEEnviS, et lorsque cela est pertinent, s’implique et propose l’insertion d’équipements dans des plateformes d’analyses moléculaires (DTAMB) ou dédiées à la conservation des échantillons (EcoRessources) et à l’expérimentation du vivant (EcoAquatron).

Plateau DIBEE
(Description et Identification de la Biodiversité en Ecologie et Environnement)

Référents scientifiques : Gilles Cuny et Florian Malard
Référent technique : Colin Issartel

Le plateau DIBEE a pour vocation de mutualiser les moyens matériels et les ressources humaines de l’UMR autour de la description et de l’identification morpho-anatomique de la biodiversité. Il permet d’effectuer des mesures biométriques, de réaliser des dissections et de trier et d’identifier le matériel issu de campagnes de terrain.

Le plateau dispose de :

• 6 postes de tris d’échantillons issus de collectes sur le terrain (loupes binoculaires NIKON SMZ645, OLYMPUS SZX9) ;

• 4 postes d’identification (loupes binoculaires OLYMPUS SZX12 et SZX16 ; microscopes OLYMPUS BX51 avec caméra numérique et BX40, tous deux équipés en contraste interférentiel).

• Une loupe binoculaire Nikon SMZ1270 à épifluorescence ;

• Un microscope numérique Keyence VHX-7000 et un macroscope LEICA Z16APO dotés d’une caméra haute résolution (3.19 et 20 Mpx, respectivement) et de logiciel d’acquisition d’images en stacking permettent d’atteindre de forts grossissements (2000 et 600 fois en champs large, respectivement).

Le plateau est également équipé depuis 2024 d’un spectromètre FTIR (PerkinElmer Spectrum 3) à transformée de Fourier avec ATR diamant couplé à un microscope IR (PerkinElmer Spotlight 400). Il permet l’acquisition de spectres en microscopie sur une platine motorisée et de spectres en mode macroscopie dans le compartiment échantillon du spectromètre. Il est principalement dédié à la caractérisation de micro-plastiques, et est utilisé conjointement par le plateau DIBEE et le pôle « Analyses Physico-Chimique ».

Plateau EcoMol
(Ecologie Moléculaire)

Référente scientifique : Clémentine François
Référente technique : Lara Konecny

Le plateau « Écologie Moléculaire » est dédié au développement et à la mise en œuvre de méthodes d’analyses des acides nucléiques (extraction, quantification, PCR, contrôles de qualité, préparation de librairies de séquençage Illumina ou Nanopore…). . En plus de ses activités historiques de génotypage, le plateau a développé récemment une forte activité de (méta)barcoding, entre autres sur ADN environnementaux. Des projets de (méta)transcriptomique sont régulièrement développés sur ce plateau.

Ce plateau technique est composé de 4 salles de laboratoire totalement indépendantes pour une superficie utile de 101 m2, et comprend l’ensemble des équipements classiques en biologie moléculaire.

La salle principale de biologie moléculaire comprend 10 postes de travail, 7 thermocycleurs pour l’amplification d’ADN par PCR, 2 centrifugeuses, ainsi qu’un spectrophotomètre Nanodrop ND1000 et un fluorimètre Qubit4 pour la quantification des acides nucléiques et des protéines. Cette salle comprend également 2 hottes dédiées à l’extraction d’ADN(e) à partir d’échantillons « sensibles » (ADN en faible quantité et/ou dégradé). Un broyeur à billes RETSCH ainsi qu’un Genogrinder permettent l’homogénéisation des tissus avant extraction.

La salle de mix PCR est équipée d’une hotte PCR avec UV pour la préparation des mélanges pré-PCR.
La salle de migration des gels est équipée de cuves à électrophorèse sur gel d’agarose ainsi qu’un imageur de gels UVIdoc HD6 Touch.

La salle consacrée exclusivement à la préparation et l’analyse des ARN comprend une hotte Captair avec filtre GF4AS, une centrifugeuse eppendorf réfrigérée, ainsi qu’un thermocycleur.

Pour certaines activités (eg. qPCR, ddPCR, séquençage Nanopore), nous travaillons étroitement avec la plateforme DTAMB de la FR BioEENviS qui met à disposition les équipements nécessaires.

Merci de contacter Lara Konecny et Clémentine Francois si vous souhaitez construire un projet impliquant ce plateau, afin de discuter des méthodes envisageables et de leur faisabilité.

Plateau Enerho-Ox
(Bioénergétiques-Hormones-Stress oxydant)

Référent scientifique : Damien Roussel
Référente technique : Adeline Dumet

Le plateau Enerho-Ox est dédié à l’analyse de la régulation des balances énergétiques et oxydatives dans les systèmes biologiques. Il met à la disposition des outils et des compétences pour aborder de façon intégrative les flux d’énergie, la balance oxydative et différentes voies métaboliques dans un cadre physiologique, écologique ou évolutif. Il permet de décrire les mécanismes d’ajustement, de contrôle et de régulation des réponses métaboliques des organismes aux modifications de leur environnement.

Ce plateau comprend un ensemble d’équipements permettant de mesurer et quantifier :

1) A l’échelle de l’organisme.

• le métabolisme énergétique en cage métabolique (TSE) ;

• la consommation d’oxygène et la production de CO₂ en aérien (chaine métabolique en circuit ouvert Servomex, analyseur d’oxygène Servomex mobile) ;

• la consommation d’oxygène en aquatique (optodes) ;

• les performances de nage (tunnels de nage Loligo® Systems) ;

• les préférences thermiques (shuttle box), la CTmax, la CTswim chez les poissons.

2) A l’échelle cellulaire et subcellulaire.

• la consommation d’oxygène (oxymètre Rank Brothers® et Oroboros®) ;

• la synthèse d’ATP sur mitochondrie isolée (spectrophotomètre microplaque) ;

• la production d’espèces réactives de l’oxygène (fluorimètre – délocalisé au DTAMB) ;

• le potentiel de membrane sur mitochondrie isolée (électrode TPMP).

3) A l’échelle biochimique et moléculaire.

• les activités des enzymes des voies métaboliques (spectrophotomètre microplaque) ;

• les défenses anti-oxydantes spécifiques et non-spécifiques ;

• les concentrations d’hormones et de métabolites (spectrophotométrie, fluorimétrie, chromatographie gazeuse délocalisée en géologie) ;

• les protéines (western-blot).

Ce plateau permet de préparer les solutions tampons et les échantillons biologiques à l’échelle cellulaire et subcellulaire : cellules et mitochondries isolées, cellules et tissus perméabilisés (centrifugeuse réfrigérée, broyeur verre/verre et téflon/verre, loupe binoculaire, balances, pH mètre, distillateur d’eau).

Merci de contacter Damien Roussel et Adeline Dumet si vous souhaitez utiliser les équipements ou construire un projet impliquant ce plateau.