L'équipe Écologie, Évolution, Écosystèmes Souterrains (E3S) étudie depuis les années 60 la diversité biologique au sein du milieu souterrain et de ses interfaces avec les milieux de surface, en favorisant la convergence de champs disciplinaires relevant de l'écologie et de l'évolution. Les récents recrutements lui ont permis d'élargir ses thématiques à un champ plus large d'interfaces, incluant celles situées entre les écosystèmes aquatiques et terrestres et celles entre hydrosystèmes et atmosphère.
Les recherches de l'équipe E3S se concentrent sur 4 axes principaux :
• Évolution : étude de l'évolution des génomes et des traits morphologiques et d'histoire de vie des organismes lors de leur transition des milieux de surface vers les milieux souterrains, notamment via des approches d'analyse phylogénétique comparative.
• Écologie des communautés : évaluation de la réponse des communautés (microbiennes et de métazoaires) en réponse aux modifications naturelles et anthropiques des flux d'énergie et de matière au sein des hydrosystèmes.
• Écologie trophique : analyse de la structuration trophique des hydrosystèmes souterrains et de surface, en utilisant notamment des approches d'écologie isotopique et d'ADN environnemental.
• Écologie fonctionnelle : évaluation du rôle des organismes/communautés (et de leur répertoire de gènes) dans les cycles biogéochimiques et le fonctionnement des hydrosystèmes et de leurs interfaces (e.g. la zone hyporhéique).
Nos recherches s'articulent à travers un couplage d'approches de terrain et de laboratoire, sur systèmes expérimentaux. De plus, et en appui à ses axes de recherche, l'équipe E3S soutient de nombreux développements méthodologiques en isotopie, séquençage haut-débit de la diversité taxinomique et fonctionnelle, écophysiologie, mesure des flux de gaz et imagerie morpho-anatomique.
Cette approche transdisciplinaire permet à l'équipe E3S de contribuer de manière significative à la compréhension du fonctionnement des hydrosystèmes et de leur rôle crucial dans le maintien de la biodiversité et des services écosystémiques associés, dans un contexte de changement global.
