2025

Article dans une revue

titre

Transcriptomic basis of within- and trans-generational predator-induced plasticity in the freshwater snail Physa acuta

auteur

Léo Dejeux, Nathanaëlle Saclier, Juliette Tariel-Adam, Maxime Hoareau, Tristan Lefébure, Lara Konecny, Sandrine Plénet, Emilien Luquet

article

Heredity, 2025, 134 (7), pp.439-449. ⟨10.1038/s41437-025-00775-9⟩

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titre

Variation in the fitness impact of translationally optimal codons among animals

auteur

Florian Bénitière, Tristan Lefébure, Laurent Duret

article

Genome Research, 2025, 35 (3), pp.446-458. ⟨10.1101/gr.279837.124⟩

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titre

Transcriptomic data reveal divergent paths of chitinase evolution underlying dietary convergence in anteaters and pangolins

auteur

Rémi Allio, Sophie Teullet, Dave Lutgen, Amandine Magdeleine, Rachid Koual, Marie-Ka Tilak, Benoît de Thoisy, Christopher A Emerling, Tristan Lefébure, Frédéric Delsuc

article

Genome Biology and Evolution, 2025, 17 (2), pp.evaf002. ⟨10.1093/gbe/evaf002⟩

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2024

Article dans une revue

titre

Environmental DNA Particle Size Distribution and Quantity Differ Across Taxa and Organelles

auteur

Héloïse Verdier, T. Datry, Maxime Logez, Lara Konecny-Dupré, Maïlys Gauthier, Tristan Lefébure

article

Environmental DNA, 2024, 6 (5), pp.e598. ⟨10.1002/edn3.598⟩

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titre

Both nuclear and cytoplasmic polymorphisms are involved in genetic conflicts over male fertility in the gynodioecious snail, Physa acuta

auteur

Fanny Laugier, Nathanaëlle Saclier, Kévin Béthune, Axelle Braun, Lara Konecny-Dupré, Tristan Lefébure, Émilien Luquet, Sandrine Plénet, Jonathan Romiguier, Patrice David

article

Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2024, 78 (7), pp.1227-1236. ⟨10.1093/evolut/qpae053⟩

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titre

A collaborative backbone resource for comparative studies of subterranean evolution: The World Asellidae database

auteur

Nathanaelle Saclier, Louis Duchemin, Lara Konecny-Dupré, Philippe Grison, David Eme, Chloé Martin, Cécile Callou, Tristan Lefébure, Clémentine François, Colin Issartel, Julian Lewis, Fabio Stoch, Boris Sket, Sanja Gottstein, Teo Delić, Maja Zagmajster, Michal Grabowski, Dieter Weber, Ana Sofia P. S. Reboleira, Dmitry Palatov, Kaloust Paragamian, Lee Knight, Georges Michel, Francois Lefebvre, Mohammad‐javad Malek Hosseini, Ana Camacho, Begoña Gartzia de Bikuña, Amina Taleb, Nouria Belaidi, Raoul Tuekam Kayo, Diana Maria Paola Galassi, Oana Teodora Moldovan, Christophe Douady, Florian Malard

article

Molecular Ecology Resources, 2024, 24 (1), ⟨10.1111/1755-0998.13882⟩

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2022

Article dans une revue

titre

lnventai·re des especes souterraines dans l'ere moleculaire

auteur

Florian Malard, Héloïse Verdier, Lara Konecny-Dupré, David Eme, Christophe J Douady, Tristan Lefébure

article

Karstologia, 2022

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titre

Extreme mitochondrial DNA divergence underlies genetic conflict over sex determination

auteur

Patrice David, Cyril Degletagne, Nathanaelle Saclier, Aurel Jennan, Philippe Jarne, Sandrine Plénet, Lara Konecny, Clémentine François, Laurent Guéguen, Noéline Garcia, Tristan Lefébure, Emilien Luquet

article

Current Biology, 2022, 32 (10), pp.2325-2333.e1-e6. ⟨10.1016/j.cub.2022.04.014⟩

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titre

Passive sampling of environmental DNA in aquatic environments using 3D‐printed hydroxyapatite samplers

auteur

Héloïse Verdier, Lara Konecny‐dupre, Christophe Marquette, Helen Reveron, Solène Tadier, Laurent Grémillard, Amélie Barthès, T. Datry, Agnès Bouchez, Tristan Lefébure

article

Molecular Ecology Resources, 2022, 22, pp.2158-2170. ⟨10.1111/1755-0998.13604⟩

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titre

Transcriptome-wide deregulation of gene expression by artificial light at night in tadpoles of common toads

auteur

Morgane Touzot, Tristan Lefebure, Thierry Lengagne, Jean Secondi, Adeline Dumet, Lara Konecny-Dupre, Philippe Veber, Vincent Navratil, Claude Duchamp, Nathalie Mondy

article

Science of the Total Environment, 2022, 818, pp.151734. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.151734⟩

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2021

Article dans une revue

titre

Unlocking our understanding of intermittent rivers and ephemeral streams with genomic tools

auteur

Rosetta C Blackman, Florian Altermatt, Arnaud Foulquier, Tristan Lefébure, Maïlys Gauthier, Agnes Bouchez, Rachel Stubbington, Alexander M Weigand, Florian Leese, T. Datry

article

Frontiers in Ecology and the Environment, 2021, 19 (10), pp.574-583. ⟨10.1002/fee.2404⟩

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2020

Article dans une revue

titre

Bedrock radioactivity influences the rate and spectrum of mutation

auteur

Nathanaëlle Saclier, Patrick Chardon, Florian Malard, Lara Konecny-Dupré, David Eme, Arnaud Bellec, Vincent Breton, Laurent Duret, Tristan Lefébure, Christophe Jean Douady

article

eLife, 2020, 9, pp.e56830. ⟨10.7554/eLife.56830⟩

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titre

Trophic selectivity in aquatic isopods increases with the availability of resources

auteur

Clémentine François, Laurent Simon, Florian Malard, Tristan Lefébure, Christophe Jean Douady, Florian Mermillod-Blondin

article

Functional Ecology, 2020, 34, pp.1078-1090. ⟨10.1111/1365-2435.13530⟩

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titre

GOTIT: A laboratory application software for optimizing multi‐criteria species‐based research

auteur

Florian Malard, Philippe Grison, Louis Duchemin, Lara Konecny-Dupré, Tristan Lefébure, Nathanaëlle Saclier, David Eme, Chloé Martin, Cécile Callou, Christophe Jean Douady

article

Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11, pp.159-167. ⟨10.1111/2041-210X.13307⟩

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titre

Enhancing DNA metabarcoding performance and applicability with bait capture enrichment and DNA from conservative ethanol

auteur

Maïlys Gauthier, Lara Konecny-Dupré, Agnès Nguyen, Vasco Elbrecht, T. Datry, Christophe Jean Douady, Tristan Lefébure

article

Molecular Ecology Resources, 2020, 20 (79-96), pp.79-96. ⟨10.1111/1755-0998.13088⟩

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2018

Article dans une revue

titre

Life History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods

auteur

Nathanaëlle Saclier, Clémentine François, Lara Konecny-Dupré, Nicolas Lartillot, Laurent Guéguen, L. Duret, Florian Malard, Christophe Jean Douady, Tristan Lefébure

article

Molecular Biology and Evolution, 2018, 35 (12), pp.2900-2912. ⟨10.1093/molbev/msy184⟩

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2017

Article dans une revue

titre

Less effective selection leads to larger genomes

auteur

Tristan Lefébure, Claire Morvan, Florian Malard, Clémentine François, Lara Konecny-Dupré, Laurent Guéguen, Michèle Weiss-Gayet, Andaine Seguin-Orlando, Luca Ermini, Clio Der Sarkissian, N. Pierre Charrier, David Eme, Florian Mermillod-Blondin, L. Duret, Cristina Vieira, Ludovic Orlando, Christophe Jean Douady

article

Genome Research, 2017, 27, pp.1016-1028. ⟨10.1101/gr.212589.116⟩

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2016

Article dans une revue

titre

Genome Content and Phylogenomics Reveal both Ancestral and Lateral Evolutionary Pathways in Plant-Pathogenic Streptomyces Species

auteur

José Huguet-Tapia, Tristan Lefébure, Jonathan H Badger, Dongli Guan, Gregg S. Pettis, Michael J Stanhope, Rosemary Loria

article

Applied and Environmental Microbiology, 2016, 82 (7), pp.2146-2153. ⟨10.1128/AEM.03504-15⟩

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titre

No Evidence That Nitrogen Limitation Influences the Elemental Composition of Isopod Transcriptomes and Proteomes

auteur

Clémentine François, L. Duret, Laurent Simon, Florian Mermillod-Blondin, Florian Malard, Lara Konecny-Dupré, Rémi Planel, Simon Penel, Christophe Jean Douady, Tristan Lefébure

article

Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (10), pp.2605-2620. ⟨10.1093/molbev/msw131⟩

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2015

Article dans une revue

titre

Genome based phylogeny and comparative genomic analysis of intra-mammary pathogenic Escherichia coli.

auteur

Vincent P. Richards, Tristan Lefébure, Paulina Pavinski Bitar, Belgin Dogan, Kenneth Simpson, Ynte H. Schukken, Michael J Stanhope

article

PLoS ONE, 2015, 10 (3, e0119799), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0119799⟩

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2014

Article dans une revue

titre

Current developments in groundwater ecology -- from biodiversity to ecosystem function and services

auteur

Christian Griebler, Florian Malard, Tristan Lefébure

article

Current Opinion in Biotechnology, 2014, 27, pp.159-167. ⟨10.1016/j.copbio.2014.01.018⟩

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titre

Inflammation-associated adherent-invasive Escherichia coli are enriched in pathways for use of Propanediol and Iron and M-cell translocation

auteur

Belgin Dogan, Haruo Suzuki, Deepali Herlekar, Balfour Sartor, Barry J Campbell, Carol Roberts, Katrina Stewart, Ellen Scherl, Yasemin Araz, Paulina P. Bitar, Tristan Lefébure, Bredan Chandler, Ynte H. Schukken, Michael J Stanhope, Kenneth Simpson

article

Inflammatory Bowel Diseases, 2014, 20 (2), pp.1919-1932. ⟨10.1097/MIB.0000000000000183⟩

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2013

Article dans une revue

titre

Outcome of infection of C57BL/6 IL-10 mice with Campylobacter jejuni strains is correlated with genome content of open reading frames up- and down-regulated invivo

auteur

A. Bell, J., J.P. Jerome, A.E. Plovanich-Jones, E.J. Smith, J.R. Gettings, H.Y. Kim, J.R. Landgraf, T. Lefébure, J.J. Kopper, A. Rathinam, J.L. St Charles, B.A. Buffa,, B.A. Brooks, S.A. Poe, K.A. Eaton, M.J. Stanhope, L.S. Mansfield

article

Microbial Pathogenesis, 2013, 54, pp.1-19. ⟨10.1016/j.micpath.2012.08.001⟩

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titre

Comparative characterization of the virulence gene clusters (lipooligosaccharide [LOS] and capsular polysaccharide [CPS]) for Campylobacter coli, Campylobacter jejuni subsp. jejuni and related Campylobacter species. Infection

auteur

P. Richards Vincent, Tristan Lefébure, Paulina Pavinski Bitar, Michael J Stanhope

article

Genetics and Evolution, 2013, 14, pp.200-213. ⟨10.1016/j.meegid.2012.12.010⟩

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titre

Timetree of aselloidea reveals species diversification dynamics in groundwater

auteur

Claire Morvan, Florian Malard, Emmanuel Paradis, Tristan Lefébure, Lara Konecny-Dupré, Christophe Jean Douady

article

Systematic Biology, 2013, 62 (4), pp.512-22. ⟨10.1093/sysbio/syt015⟩

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titre

Complete Genome Sequence of the Porcine Strain Brachyspira pilosicoli P43/6/78T.

auteur

Changyou Lin, C. den Bakker Henk, Haruo Suzuki, Tristan Lefébure, Lalit Ponnala, Qi Sun, Michael J Stanhope, Martin Wiedmann, E. Duhamel Gérald

article

Genome Announcements, 2013, 1 (1, e00215-12), pp.1-2. ⟨10.1128/genomeA.00215-12⟩

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titre

Evolutionary and Population Genomics of the Cavity Causing Bacteria Streptococcus mutans

auteur

E. Cornejo Omar, Tristan Lefébure, Paulina Pavinski Bitar, Ping Lang, Vincent P. Richards, Kirsten Eilertson, Thuy Do, David Beighton, Lin Zeng, Sang-Joon Ahn, A. Burne Robert, Adam Siepel, Carlos D. Bustamante, J. Stanhope Michael

article

Molecular Biology and Evolution, 2013, 30 (4), pp.881-93. ⟨10.1093/molbev/mss278⟩

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titre

Microsatellite Development and First Population Size Estimates for the Groundwater Isopod Proasellus walteri

auteur

Cécile Capderrey, Bernard Kaufmann, Pauline Jean, Florian Malard, Lara Konecny-Dupré, Tristan Lefébure, Christophe Jean Douady

article

PLoS ONE, 2013, 8 - e76213 (9), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pone.0076213⟩

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titre

Bayesian phylogeographic inferences reveal contrasting colonization dynamics among European groundwater isopods

auteur

David Eme, Florian Malard, Lara Konecny-Dupré, Tristan Lefébure, Christophe Jean Douady

article

Molecular Ecology, 2013, 22, pp.5685-5699. ⟨10.1111/mec.12520⟩

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titre

Phenotypic Heterogeneity of Genomically-Diverse Isolates of Streptococcus mutans

auteur

R. Palmer Sara, H. Miller James, Jacqueline Abranches, Lin Zeng, Tristan Lefébure, P. Richards Vincent, A. Lemos José, J. Stanhope Michael, A. Burne Robert

article

PLoS ONE, 2013, 8 - e61358 (4), pp.1-17. ⟨10.1371/journal.pone.0061358⟩

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2012

Article dans une revue

titre

Genome characterization and population genetic structure of the zoonotic pathogen, Streptococcus canis

auteur

Vincent P Richards, Ruth N. Zadoks, Paulina D Pavinski Bitar, Tristan Lefébure, Ping Lang, Brenda Werner, Linda Tikofsky, Paolo Moroni, Michael J Stanhope

article

BMC Microbiology, 2012, 12 (293), pp.1-16. ⟨10.1186/1471-2180-12-293⟩

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titre

Gene repertoire evolution of Streptococcus pyogenes inferred from phylogenomic analysis with Streptococcus canis and Streptococcus dysgalactiae

auteur

Tristan Lefébure, P. Richards Vince, Ping Lang, Paulina Pavinski Bitar, J. Stanhope Michael

article

PLoS ONE, 2012, 7 (5), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0037607⟩

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titre

Progress dissecting the oral microbiome in caries and health

auteur

R.A. Burne, L. Zeng,, S.J. Ahn, S.R. Palmer, Yehan Liu, T. Lefébure, M.J. Stanhope, M. M. Nascimento

article

Advances in dental research, 2012, 24 (2), pp.77-80. ⟨10.1177/0022034512449462⟩

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titre

Comparative genomic analysis of the genus Staphylococcus including Staphylococcus aureus and its newly described sister species Staphylococcus simiae

auteur

Haruo Suzuki, Tristan Lefébure, Paulina Pavinski Bitar, J. Stanhope Michael

article

BMC Genomics, 2012, 13 (38), pp.1-8. ⟨10.1186/1471-2164-13-38⟩

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2011

Article dans une revue

titre

Comparative genomic analysis of the streptococcus dysgalactiae species group : Gene content, molecular adaptation, and promoter evolution

auteur

Haruo Suzuki, Tristan Lefébure, Melissa Jane Hubisz, Paulina Pavinski Bitar, Ping Lang, Adam Siepel, J. Stanhope Michael

article

Genome Biology and Evolution, 2011, 3, pp.168-185. ⟨10.1093/gbe/evr006⟩

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titre

Comparative genomics and the role of lateral gene transfer in the evolution of bovine adapted Streptococcus agalactiae

auteur

P. Richards Vincent, Ping Lang, D. Bitar Paulina, Tristan Lefébure, Ynte H. Schukken, Ruth N. Zadoks, Michael J Stanhope

article

Infection, Genetics and Evolution, 2011, 11 (6), pp.1263-75. ⟨10.1016/j.meegid.2011.04.019⟩

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2010

Article dans une revue

titre

Evolutionary Dynamics of Complete Campylobacter Pan-Genomes and the Bacterial Species Concept

auteur

Tristan Lefébure, Paulina Pavinski Bitar, Haruo Suzuki, Michael J Stanhope

article

Genome Biology and Evolution, 2010, 2, pp.646-655. ⟨10.1093/gbe/evq048⟩

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titre

Expanded Multilocus Sequence Typing and Comparative Genomic Hybridization of Campylobacter coli Isolates from Multiple Hosts

auteur

Ping Lang, Tristan Lefébure, Wei Wang, Paulina Pavinski Bitar, Richard J. Meinersmann, Katherine Kaya, Michael J Stanhope

article

Applied and Environmental Microbiology, 2010, 76 (6), pp.1913-1925. ⟨10.1128/aem.01753-09⟩

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2009

Article dans une revue

titre

Pervasive, genome-wide positive selection leading to functional divergence in the bacterial genus Campylobacter

auteur

T. Lefébure, M. Stanhope

article

Genome Research, 2009, 19 (7), pp.1224-1232. ⟨10.1101/gr.089250.108⟩

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titre

Gene content differences across strains of Streptococcus uberis identified using oligonucleotide microarray comparative genomic hybridization

auteur

Ping Lang, Tristan Lefébure, W. Wang, Ruth N. Zadoks, Ynte Schukken, Michael Stanhope

article

Infection, Genetics and Evolution, 2009, 9 (2), pp.179-188. ⟨10.1016/j.meegid.2008.10.015⟩

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titre

Relationships between environmental variables and groundwater biodiversity at the regional scale. In: Freshwater Biology Special Issue, Assessing and Conserving Groundwater Biodiversity (Eds. J. Gibert & D.C. Culver)

auteur

Marie-José Dole-Olivier, Florian Malard, Dominique P. Martin, Tristan Lefébure, Janine Gibert

article

Freshwater Biology, 2009, 54, pp.797-813. ⟨10.1111/j.1365-2427.2009.02184.x⟩

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titre

A molecular test for cryptic diversity in ground water : how large are the ranges of macro-stygobionts ? In: Freshwater Biology Special Issue, Assessing and Conserving Groundwater Biodiversity (Eds. J. Gibert & D.C. Culver)

auteur

Peter Trontelj, Christophe Jean Douady, Cene Fiser, Janine Gibert, Spela Goricki, Tristan Lefébure, Boris Sket, Valerija Zaksek

article

Freshwater Biology, 2009, 54, pp.727-744. ⟨10.1111/j.1365-2427.2007.01877.x⟩

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2008

Article dans une revue

titre

Positive selection in penicillin-binding proteins 1a, 2b, and 2x from Streptococcus pneumoniae and its correlation with amoxicillin resistance development

auteur

Michael Stanhope, Tristan Lefébure, Stacey Walsh, Julie Becker, Ping Lang, Paulina Pavinski Bitar, Linda Miller, Michael Italia, Heather Amrine-Madsen

article

Infection, Genetics and Evolution, 2008, 8 (3), pp.331-339. ⟨10.1016/j.meegid.2008.02.001⟩

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titre

The imprint of quaternary glaciers on the present-day distribution of the obligate groundwater amphipod Niphargus virei (Niphargidae)

auteur

Arnaud Foulquier, Florian Malard, Tristan Lefébure, Christophe Jean Douady, Janine Gibert

article

Journal of Biogeography, 2008, 35, pp.552-564. ⟨10.1111/j.1365-2699.2007.01795.x⟩

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2007

Article dans une revue

titre

The relative frequency of intraspecific lateral gene transfer of penicillin binding proteins 1a, 2b, and 2x, in amoxicillin resistant Streptococcus pneumoniae

auteur

Michael Stanhope, Stacey Walsh, Tristan Lefébure, Ping Lang, Paulina Bitar, Heather Amrine-Madsen

article

Infection, Genetics and Evolution, 2007, 7 (4), pp.520-534. ⟨10.1016/j.meegid.2007.03.004⟩

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titre

Evolution of the core and pan-genome of Streptococcus: positive selection, recombination, and genome composition

auteur

Tristan Lefébure, Michael J Stanhope

article

Genome Biology, 2007, 8 (5), pp.R71. ⟨10.1186/gb-2007-8-5-r71⟩

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titre

Testing dispersal and cryptic diversity in a widely distributed groundwater amphipod (Niphargus rhenorhodanensis).

auteur

T. Lefébure, Christophe Jean Douady, Florian Malard, Janine Gibert

article

Molecular Phylogenetics and Evolution, 2007, 42 (3), pp.676-686. ⟨10.1016/j.ympev.2006.08.020⟩

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2006

Article dans une revue

titre

Relationship between morphological taxonomy and molecular divergence within Crustacea : Proposal of a molecular threshold to help species delimitation

auteur

T. Lefébure, C.J. Douady, Manolo Gouy, J. Gibert

article

Molecular Phylogenetics and Evolution, 2006, 40 (2), pp.435-447. ⟨10.1016/j.ympev.2006.03.014⟩

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titre

Phylogeography of a subterranean amphipod reveals cryptic diversity and dynamic evolution in extreme environments

auteur

T. Lefébure, C.J. Douady, Manolo Gouy, P. Trontel, J. Briolay, J. Gibert

article

Molecular Ecology, 2006, 15, pp.1797-1806. ⟨10.1111/j.1365-294X.2006.02888.x⟩

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titre

De l'influence des glaciations du Quaternaire sur les crustacés aquatiques souterains.

auteur

Christophe Jean Douady, Florian Malard, T. Lefébure, Julien Issartel, J. Azzarotto, J. Vodinh

article

Nature et Patrimoine en Pays de Savoie, 2006, 18 (3), pp.26-29

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