Je suis écologue microbien, avec une formation en biologie et en géosciences. Dans le cadre de ma thèse, j'ai principalement utilisé des données omiques (métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique) et la bio-informatique pour étudier la diversité, la dynamique et le rôle des Fungi dans les environnements marins.

En tant que post-doctorant au LEHNA, je travaille sous la direction de Clémentine François sur les Asellidae, une famille d'isopodes (crustacés) qui comporte d’importants décomposeurs de la litière de feuilles dans les environnements d'eau douce. Ils jouent un rôle central dans ces écosystèmes, car ils transfèrent l'énergie difficile d'accès contenue dans les composés récalcitrants des feuilles (notamment la lignocellulose) vers les niveaux trophiques supérieurs. De nombreux animaux qui dégradent ces composés récalcitrants dépendent au moins en partie des enzymes produites par leur microbiote pour effectuer cette dégradation. Chez les Asellidae, de nombreux aspects de ce processus sont inconnus, notamment 1- la contribution relative des hôtes et de leur microbiote à ce processus ; 2- le degré de redondance/complémentarité des répertoires enzymatiques des hôtes et de leur microbiote ; 3- l'existence ou non d'un répertoire enzymatique et/ou d'un microbiote commun à tous les Asellidae (c'est-à-dire des enzymes et/ou des micro-organismes présents chez toutes les espèces d'Asellidae). Pour répondre à ces questions, nous appliquons la génomique, la métagénomique et le Stable Isotope Probing (SIP) à plusieurs membres de la famille des Asellidae. Ce travail s'inscrit dans le cadre du projet DIET (Page web : anr.fr/Projet-ANR-22-CE02-0019).

I am a microbial ecologist with a background in biology and geosciences. During my thesis, I mostly used omics data (metabarcoding, metagenomics, metatranscriptomics) and bioinformatics to investigate the diversity, dynamics and roles of Fungi in marine environments.

As a post-doc at LEHNA, I am working under direction of Clémentine François on Asellidae, a family of isopods (crustaceans) that hosts major leaf litter decomposers in freshwater environments. They are pivotal in these ecosystems as they transfer the hard-to-access energy contained in the recalcitrant leaf compounds (namely, lignocellulose) to upper trophic levels. Many animals that degrade such recalcitrant compounds rely at least partly on the enzymes produced by their microbiota to perform such degradation. In Asellidae, many aspects of this process is unknown, notably 1- the relative contribution of the hosts and their microbiota to this process; 2- how redundant/complementary the enzymatic repertoires of the hosts and their microbiota are; 3- if there is a core enzymatic repertoire and/or a core microbiota in Asellidae (i.e., enzymes and/or micro-organisms that are present in all Asellidae species). To address these open questions, we apply genomics, metagenomics and Stable Isotope Probing (SIP) to several Asellidae members. This work is part of the DIET project (Web page: anr.fr/Projet-ANR-22-CE02-0019).