GAUTHIER Mailys IR EZUS CDD
Contract. EZUS : E3S
: Pôle Technique
Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
3, rue Raphaël Dubois - Bât. Darwin C
F-69622 Villeurbanne Cedex France
- 04 72 43 11 41
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La caractérisation du macrozoobenthos de rivières se base classiquement sur des critères morphologiques. Cette approche est parfois associée à une identification à résolution taxinomique grossière ou incorrecte. L’identification basée sur l’ADN a ainsi été proposée comme une alternative pour surmonter les limites liées à l’identification morphologique mais possède elle-même son propre lot de limites. Dans le cadre du projet MISTRAL, j'aurai comme mission de développer et de tester différents protocoles d'identification moléculaire sur des communautés de macrozoobenthos afin d'optimiser cette méthode d'identification. A terme, seront présentés aux gestionnaires de cours d'eau de la région le panel de méthodes moléculaires disponibles ainsi que leur avantages et inconvénients, dans un souci de transfert de connaissance et de savoir faire vers les opérationnels.
Characterization of river macrozoobenthos is classically based on morphological criteria. This approach can be associated with coarse or incorrect taxonomic resolution. DNA-based identification has been proposed as an alternative to overcome limitations of morphological identification but comes with its own set of limitations. In association with the MISTRAL project, my mission will be to develop and test different molecular identification protocols on macrozoobenthos communities in order to optimize this identification method. Eventually, the panel of available molecular methods and their advantages and pitfalls will be presented to the river managers of the region, in a goal to transfer knowledge to operationals.- 2021 Blackman, R., Altermatt, F., Foulquier, A., Lefébure, T., Gauthier, M., Bouchez, A., Stubbington, R., Weigand, A.M., Leese, F., Datry, T., 2021 - Unlocking our understanding of intermittent rivers and ephemeral streams with genomic tools. Frontiers in Ecology and the Environment, Ecological Society of America, 19 (10), 574-583. ⟨10.1002/fee.2404⟩2021 Gauthier, M., Le Goff, G., Launay, B., Douady, C.J., Datry, T., 2021 - Dispersal limitation by structures is more important than intermittent drying effects for metacommunity dynamics in a highly fragmented river network. Freshwater Science, 40 (2), pp.302 - 315. ⟨10.1086/714376⟩2020 Gauthier, M., Konecny-Dupré, L., Nguyen, A., Elbrecht, V., Datry, T., Douady, C.J., Lefébure, T.. 2020 - Enhancing DNA metabarcoding performance and applicability with bait capture enrichment and DNA from conservative ethanol. Molecular Ecology Resources, 20 : 79-86.
