FABRE Lina
Doctorant : E3S
Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE
(+33) 04 72 43 29 45
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Les eaux souterraines sont les principales sources d’eau potable dans les pays européens. Dans certains massifs calcaires tels que les Bauges, l’alimentation en eau dépend des ressources karstiques, représentant l’unique réservoir d’eau potable. Cependant, dû à leur structure hétérogène et de leurs propriétés hydrodynamiques, ces hydrosystèmes sont très vulnérables et peu résilients face aux différentes pollutions à la fois via des entrées directes et des contaminations diffuses. Les eaux souterraines représentent alors une ressource dont la qualité est menacée par les activités industrielles, agricoles et urbaines. De plus, si les directives européennes sur l’eau ont favorisé l’utilisation d’indicateurs biologiques pour évaluer la qualité écologique des eaux de surface, cela n’a pas été le cas pour les écosystèmes souterrains. Pour combler ce manque, mon projet de thèse vise à proposer et tester des indicateurs biologiques basés sur des approches ADN, afin d’évaluer la qualité d’écosystèmes aquatiques souterrains étant par définition peu accessibles. En effet, dans ces milieux oligotrophes, les apports de contaminations organiques (agricoles et HAP) vont venir impacter et modifier les communautés bactériennes présentes. De ce fait, la sensibilité de ces organismes aux variations de leur environnement en font de bons indicateurs biologiques.
Au cours de mon travail, des systèmes karstiques caractérisés par des usages des terres distincts et donc des sources de pollution différentes seront étudiées via des systèmes artificiels (billes d’argiles) et naturels (sédiments et eau) afin d’échantillonner les communautés microbiennes présentes. Ces échantillonnages seront analysés par métabarcoding et couplés à des analyses en HAPs et en nutriments pour détecter les liens entre contamination et structure des communautés microbiennes. Ces analyses seront aussi bien appliquées aux puits et aux sources des systèmes karstiques afin de pouvoir transposer nos résultats à des systèmes non pénétrables. L’enjeux de ce projet s’inscrit dans une démarche applicable, afin de permettre aux communes concernées de mieux gérer les ressources en eau lors d’événements propices aux contaminations. Mon travail à donc pour but de développer des outils pertinents pour l’évaluation de la qualité des écosystèmes aquatiques souterrains.
Groundwater is the main source of drinking water in European countries. In some limestone massifs such as the Bauges, water supply depends on karst resources, representing the only drinking water reservoir. However, due to their heterogeneous structure and hydrodynamic properties, these hydrosystems are very vulnerable and not very resilient to various types of pollution, both via direct inputs and diffuse contamination. Groundwater is therefore a resource whose quality is threatened by industrial, agricultural and urban activities. Moreover, while the European Water Directives have promoted the use of biological indicators to assess the ecological quality of surface waters, this has not been the case for groundwater ecosystems. To fill this gap, my thesis project aims to propose and test biological indicators based on DNA approaches, in order to assess the quality of underground aquatic ecosystems, which are by definition not very accessible. Indeed, in these oligotrophic environments, the input of organic contamination (agricultural and PAH) will impact and modify the bacterial communities present. As a result, the sensitivity of these organisms to variations in their environment makes them good biological indicators.
During my work, karst systems characterised by distinct land uses and therefore different sources of pollution will be studied via artificial (clay balls) and natural (sediments and water) systems in order to sample the microbial communities present. These samples will be analysed by metabarcoding and coupled with PAH and nutrient analyses to detect links between contamination and microbial community structure. These analyses will be applied to wells and springs in karst systems in order to transpose our results to non-penetrable systems. The aim of this project is to enable the municipalities concerned to better manage their water resources during events conducive to contamination. The aim of my work is therefore to develop relevant tools for assessing the quality of underground aquatic ecosystems.
