PANSU Johan

Enseignant chercheur : BAH E3S

Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Darwin C
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE

(+33) 04 26 23 44 14

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• Mes activités de recherche s’inscrivent le cadre de l’écologie des communautés et des perturbations. Elles visent à mettre en évidence les mécanismes structurant les communautés biologiques ainsi que les processus impliqués dans leurs réponses, et leur résilience, aux perturbations anthropiques. A l’interface entre écologie de terrain et écologie moléculaire, je me suis spécialisé dans le développement et l’application d’approches d’ADN environnemental afin de mieux comprendre les conséquences des activités anthropiques sur la biodiversité (des micro-organismes jusqu'aux grands mammifères) et leurs impacts sur le fonctionnement des écosystèmes, aussi bien terrestres qu'aquatiques. Cette thématique s’est déclinée autour de différents axes de recherche, qui incluent actuellement l’écologie trophique et les réseaux d'interactions, la restauration écologique et la gestion des écosystèmes.

• Licence :

  -Diversité du vivant (CM, TP), Licence 1

  -Biologie des organismes (TD, TP), Licence 2

  -Outils moléculaires pour l'écologie et l'évolution (TD, TP), Licence 3 'Sciences de la Biodiversité'

  Master :

  Techniques d'Acquisition des Données (TP écologie moléculaire), Master 1 'Biodiversité Ecologie et Evolution'

  Génomique environnementale (TD & TP), Master 'Génomique Environnementale'

  ADN environnemental (CM), Master 2 'Integrated Watershed Science'

• 2024 Anderson, T.M., Hepler, S., Holdo, R., Donaldson, J., [...], Pansu, J., [...], Craig Packer, 2024 - Interplay of competition and facilitation in grazing succession by migrant Serengeti herbivores. Science, 383 (6684), pp.782-788. ⟨10.1126/science.adg0744⟩

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  Journaux internationaux à comité de lecture
  
  2022
  

  Pansu J., Hutchinson M.C., Anderson T.M., te Beest M., Begg C., Begg K., Bonin M., Chama L., Chamaillé-Jammes S., Coissac E., Cromsigt J.P.G.M., Demmel M.Y., Donaldson J.E., Guyton J.A., Hansen C., Imakando C.I., Iqbal A., Kalima D.F., Kerley G.I.H, Kurukura S., Landman M., Long R.A.  Munuo I.N., Nutter C.M., Parr C.L., Potter A.B., Siachoono S., Taberlet P., Waiti E., Kartzinel T.R., Pringle R.M., 2022 - The generality of cryptic dietary niche differences in diverse large-herbivore assemblages. Proceedings of the National Academy of Sciences, 119, e2204400119. doi: 10.1073/pnas.2204400119.
  
  Potter A.B., Hutchinson M.C., Pansu J., Wursten B., Long R.A., Levine J.M. & Pringle R.M. (2022) Mechanisms of dietary resource partitioning in large-herbivore assemblages: a plant-trait-based approach. Journal of Ecology. 110, 817-832. doi: 10.1111/1365-2745.13843

  Titcomb G., Pansu J., Hutchinson M.C, Tombak K.J., Hansen C.B., Baker C.C.M, Kartzinel T.R., Young H.S., Pringle R.M., 2022 - Large-herbivore nemabiomes: patterns of parasite diversity and sharing. Proceedings of the Royal Society B, 289, 20212702. doi: 10.1098/rspb.2021.2702.
  
  2021

  Becker J.A., Hutchinson M.C., Potter A.B., Park S., Guyon J.A., Abernathy K., Americo V., da Conceiçāo A.G., Kartzinel T., Kuziel L., Leonard N.E., Lorenzi E., Martins N.C., Pansu J., Scott W.L., Stahl M.K., Torrens K.R., Stalmans M.E., Long R.A. & Pringle R.M., 2021 - Ecological and behavioral mechanisms of density-dependent habitat expansion in a recovering African ungulate population. Ecological monographs, 91, e01476. doi: 10.1002/ecm.1476
  
  Pansu J., Chapman M.B., Hose G.C. & Chariton C.C., 2021 - Comparison of extracellular vs. total DNA extraction protocols for environmental DNA-based monitoring of sediment biota. Marine & Freshwater Research. doi: 10.1071/MF20269.

  Phillips H.R.P., Bach E., Bartz M.L.C. […], Pansu J., […], Cameron E.K. & Eisenhauer N., 2021 - Global data on earthworm abundance, biomass, diversity and corresponding environmental properties. Scientific data, 8, 136. doi: 10.1038/s41597-021-00912-z.

  Tombak K.J., Hansen C.B., Kinsella J.M., Pansu J., Pringle R.M., Rubenstein D.I., 2021 - The gastrointestinal nematodes of plains and Grevy's zebras: Phylogenetic relationships and host specificity. International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife. 16, 228-235. doi: 10.1016/j.ijppaw.2021.10.007

  2020

  Baker C.M., Castillo Vardaro J.A., Doak, D.F., Pansu J., Puissant J., Pringle R.M., Tarnita C.E., 2020 - Spatial patterning of soil microbial communities created by fungus-farming termites. Molecular ecology, 29, 4487-4501. doi: 10.1111/mec.15585

  Guyton J.A., Pansu J., Kartzinel T.R.K, Coverdale T.C., Potter A.B., Daskin J.H & Pringle R.M., 2020 - Restoration of native African megafauna revives biotic resistance to plant invasion. Nature Ecology and Evolution, 4, 712-724. doi: 10.1038/s41559-019-1068-y
  
  2019

  Atkins J.L., Long, R.A., Pansu J., Daskin J.H., Potter A.B., Stalmans M., Tarnita C.E., Pringle R.M., 2019 - Cascading impacts of large-carnivore extirpation in an African ecosystem. Science, 364, 173-177. doi:10.1126/science.aau3561
  
  Branco P., Merkle J., Pringle R.M, Pansu J., Potter A.B., Reynolds A., Stalmans M., Long R.A., 2019 - Determinants of elephant foraging behavior in a coupled human-natural system: is brown the new green? Journal of Animal Ecology, 88, 780-792. doi:10.111/1365-2656.12971

  Chalmandrier L., Pansu J., Zinger L., Boyer F., Coissac E., Génin A., Gielly L., Lavergne, S., Legay N., Schilling V., Taberlet., Munkemuller T. & Thuiller W., 2019 - Environmental and biotic drivers of soil microbial β-diversity across spatial and phylogenetic scales. Ecography, 41, 1-13. doi: 10.1111/ecog.04492
  
  Hadj Benamane A., Bissati-Bouafia S., Amrani K., Pansu J., Pompanon F, Doumandji S., Sekour M., 2019 - Diet of Barn Owl (Tyto alba), determination from regurgitated pellets in Southeastern Algeria, coupling the classical approach with eDNA analysis. Ponte Academic Journal, 75. doi:10.21506/j.ponte.2019.2.5
  
  Phillips H.R.P., Guerra C.A., Bartz M.L.C. […], Pansu J., […], Cameron E.K. & Eisenhauer N., 2019 - Global distribution of earthworm diversity. Science, 366, 480-485. doi: 10.1126/science.aax485

  Zinger L., Bonin A., Alsos I., Bálint M., Bik H., Boyer F., Chariton A., Creer S., Coissac E., Deagle B., De Barba M., Dickie I., Dumbrell A., Ficetola G.F., Fierer N, Fumagalli L., Gilbert T., Jarman S., Jumpponen A., Kauserud H., Orlando L., Pansu J., Pawlowski J. Tedersoo L., Thomsen P., Willerslev E. & Taberlet P., 2019 - DNA metabarcoding – need for robust experimental design to draw sound ecological conclusions. Molecular Ecology, 28, 1857-1862. doi:10.1111/mec.15060
  

  2018
  

  Ficetola G.F., Pansu J., Bonin A., Coissac E., Giguet-Covex C., De Barba M., Gielly L., Lopes M.L., Boyer F., Pompanon F., Rayé G. & Taberlet P. (2015). Replication levels, false presences, and the estimation of presence/absence from eDNA metabarcoding data. Molecular Ecology Resources, 15, 543-556. doi:10.1111/1755-0998.12338.
  
  Giguet-Covex C.^† & Pansu J. ^†, Arnaud F., Rey P.-J., Griggo C., Gielly L., Domaizon I., Coissac E., David F., Choler P., Poulenard J. & Taberlet P. (2014). Long livestock farming history and human landscape shaping revealed by lake sediment DNA. Nature Communications, 5, 3211. doi:10.1038/ncomms4211. (^† co-premier auteurs)

  Ohlmann M., Mazel F., Chalmandrier L., Bec S., Coissac E., Gielly L., Pansu J., Schilling V., Taberlet P.,   Zinger L., Chave J. & Thuillier W. (2018) Mapping the imprint of biotic interactions on β-diversity. Ecology Letters, 21, 1660-1669. doi:10.1111/ele.13143 (IF = 8.67, Q1)
  
  Pansu J., De Danieli S., Puissant J., Gonzalez J.-M., Gielly L., Cordonnier T., Zinger L., Brun J.-J., Choler P., Taberlet P. & Cécillon L. (2015) Landscape-scale distribution patterns of earthworms inferred from soil DNA. Soil Biology and Biochemistry, 81, 100-105. doi:10.1016/j.soilbio.2015.01.004.
  
  Pansu J., Giguet-Covex C., Ficetola G.F., Gielly L., Boyer F., Zinger L., Arnaud F., Poulenard J., Taberlet P. & Choler P. (2015) Reconstructing long-term human impacts on plant communities: an ecological approach based on lake sediment DNA. Molecular Ecology, 24, 1485-1498. doi: 10.1111/mec.13136.

  Pansu J., Guyton J.A., Potter A.B., Atkins J.L., Daskin J.H., Wursten B., & Pringle R.M. (2018) Trophic ecology of large herbivores in a reassembling African ecosystem. Journal of Ecology, 107, 1355-1376. doi:10.1111/1365-2745.13113

  Pansu J., Winkworth R.C., Hennion F., Gielly L., Taberlet P. & Choler P. (2015) Long-lasting modification of soil fungal diversity associated with the introduction of alien herbivores to a remote sub-Antarctic archipelago. Biology Letters, 11, 20150408. doi:10.1098/rsbl.2015.0408

  Taberlet P., Coissac E., Pansu J. & Pompanon F. (2011). Conservation genetics of cattle, sheep, and goats. C. R. Biologies, 334, 247–254. doi:10.1016/j.crvi.2010.12.007.

  
  B/ Contributions à des ouvrages

  Deagle B., J. Pansu J., McInnes J. & Traugott M. (in press). Revealing animal diet and food webs through DNA metabarcoding. In Applied Environmental Genomics (Eds. Jarman S., Holleley C., Berry O.). CSIRO Publishing, Australia

  Pansu J. (2017) Environmental samples. In Gonzalez M.A. & Arenas-Castro J. (Eds) Collection of biological samples for genetic analyses. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt.  Bogota, D.C., Colombie. pp 9-10. ISBN : 978-958-5418-18-9

  Pansu J. (2016) Apport du metabarcoding pour l’étude de la dynamique des communautés végétales du lac d’Anterne (Alpes françaises) au cours de l’Holocène. In Joly D., Faure D. & Salamitou S. (Eds). Empreinte du Vivant, l'ADN de l'environnement. CNRS/ Le Cherche Midi. ISBN: 978-2-7491-4383-5

  Pansu J. (2016) La chute de la biodiversité liée à l’introduction du lapin dans les Iles Kerguelen (Iles sub-Antarctiques françaises). In Joly D., Faure D. & Salamitou S. (Eds) Empreinte du Vivant, l'ADN de l'environnement. CNRS/Le Cherche Midi. ISBN: 978-2-7491-4383-5
  
  

  C/ Journaux non-référencés

  Pansu J. (2016) Environmental DNA uncovers past biodiversity changes. Barcode Bulletin. Vol. 6, Issue 4

  Giguet-Covex C., Poulenard J., Gielly L., Bajard M., Fouinat L., Ficetola G.F., David F., Pansu J., Walsh K., Mocci F., Taberlet P., Choler P & Arnaud F. (2015) L’histoire des activités agricoles et des paysages révélés par un outil en plein essor : l’ADN sédimentaire lacustre. Collection EDYTEM, 18, 81-102.