DUCHEMIN Louis IR CNRS CDD
Contract. CNRS : E3S
: Pôle Technique
Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE
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Je suis chargé du développement d’une plateforme collaborative pour la gestion de données d’écologie dans le cadre du projet européen Biodiversa + DarCo, qui a pour objet de faire progresser les connaissances sur la biodiversité souterraine. Cette plateforme en ligne répond aux besoins de traçabilité des échantillons collectés et des étapes d’analyses en laboratoire, en intégrant des outils de visualisation de données et d’analyse bioinformatique. Il s’agit d’un outil visant à accompagner les pratiques et le processus de recherche au laboratoire, et faciliter le travail collaboratif et la valorisation des données collectées à long terme.
Je suis également impliqué dans le développement de modèles et d’outils bioinformatiques pour la génomique évolutive. Dans la continuité de mes travaux de doctorat sur la détection de changements de pressions de sélection en lien avec des conditions environnementales, je serai amené à travailler sur les variations de taille efficace des populations en lien avec la colonisation d’un nouvel environnement, en l’occurence ici les milieux souterrains.
I am assigned to the development of a collaborative platform for ecological data management, in the context of the european project Biodiversa + DarCo, which aims to improve the knowledge on subterranean biodiversity. The purpose of this online platform is to provide a methodological framework and tools to support the research workflow, from data sampling on the field to analyses in the lab. With this tool, we aim to enforce long-term traceability of the data and good research practices, as well as facilitate collaborative work.
I am also invested in the development of models and bioinformatic tools in the field of evolutionary genomics. In relation with my doctoral work on detecting selective pressure changes in relation with environmental or phenotypic modifications, I will be investigating variations of the effective population size that coincide with the colonization of new ecological niches, in this case subterranean environments.
- 2024 Saclier, N., Duchemin, L., Konecny-Dupré, L., Grison, P., [...], Lefébure, T., François, C., Issartel C., [...], Douady, C., Malard, F., 2024 - A collaborative backbone resource for comparative studies of subterranean evolution: The World Asellidae database. Molecular Ecology Resources, 24 (1), ⟨10.1111/1755-0998.13882⟩
2022
DUCHEMIN, Louis, LANORE, Vincent, VEBER, Philippe et BOUSSAU, Bastien, 2022. Evaluation of Methods to Detect Shifts in Directional Selection at the Genome Scale. PUPKO, Tal (éd.), Molecular Biology and Evolution. décembre 2022. Vol. 40, n° 2. DOI 10.1093/molbev/msac247.DUCHEMIN, Louis, VEBER, Philippe et BOUSSAU, Bastien, 2022. Bayesian investigation of SARS-CoV-2-related mortality in France. Peer Community Journal. janvier 2022. Vol. 2, n° e6. DOI 10.1101/2020.06.09.20126862.
GALVÃO FERRARINI, Mariana, ZISKA, Irene, ANDRADE, Ricardo, JULIEN-LAFERRIÈRE, Alice, DUCHEMIN, Louis, CÉSAR, Roberto Marcondes, MARY, Arnaud, VINGA, Susana et SAGOT, Marie-France, 2022. Totoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations. Frontiers in Genetics. février 2022. Vol. 13, pp. 1‑12. DOI 10.3389/fgene.2022.815476.
MALARD, Florian, GRISON, Ph., DUCHEMIN, Louis, FERRER, Maud, LEWIS, Julian, KONECNY-DUPRÉ, Lara, LEFÉBURE, Tristan et DOUADY, Christophe J, 2022. An introduction to the World Asellidae Database. In : 18th International Congress of Speleology, Symposium 7, Biology, Subterranean life. Chambéry, France. juillet 2022. pp. 301‑304. 18th International Congress of Speleology - SYMPOSIUM 07 - Biology, Subterranean life. Disponible à l’adresse: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03873933
2020
MALARD, Florian, GRISON, Philippe, DUCHEMIN, Louis, KONECNY-DUPRÉ, Lara, LEFÉBURE, Tristan, SACLIER, Nathanaëlle, EME, David, MARTIN, Chloé, CALLOU, Cécile et DOUADY, Christophe Jean, 2020. GOTIT: A laboratory application software for optimizing multi-criteria species-based research. Methods in Ecology and Evolution. 2020. Vol. 11, pp. 159‑167. DOI 10.1111/2041-210X.13307.
