CRUAUD Perrine

MCU

Enseignant chercheur : BAH E3S

Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE

(+33) 04 72 43 15 20

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• Mes activités de recherche visent à mieux comprendre les mécanismes sous-jacents au fonctionnement des écosystèmes. J’étudie le rôle des communautés microbiennes et les facteurs biotiques et abiotiques qui structurent leur diversité et leurs activités ainsi que les interactions complexes qui relient les microorganismes entre eux et aux autres composantes biotiques des écosystèmes. Mes travaux se concentrent aujourd’hui sur l’étude des écosystèmes aquatiques d’eau douce et tentent de mieux comprendre les impacts des cycles saisonniers et du caractère lotique des rivières sur la structure et les fonctions des communautés microbiennes, en tentant d’élucider les processus adaptatifs des populations microbiennes face aux conditions biotiques et abiotiques caractéristiques de ces milieux. Mes recherches ont également pour but d’évaluer les réponses écologiques et évolutives de ces communautés face au changement global et les boucles de rétroactions sur le fonctionnement et les flux d’énergie et de matière dans les hydrosystèmes. Pour répondre à mes problématiques de recherche, une partie importante de mon travail s’appuie sur les données génétiques issues du séquençage haut-débit (métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique) couplées à des analyses bio-informatiques et statistiques.

•  

  Licence :

  Diversité du Vivant (TD & TP de Biologie Animale) – Licence 1 « Sciences de la Vie »

  Master :

  Techniques d’Acquisition des Données – Master 1 « Biodiversité Écologie et Évolution »

  Ateliers d’analyses en Génomique Environnementale, Métagénomique/Métatranscriptomique (CM, TD & TP), Master « Génomique Environnementale »

  Biocénoses et Dynamique des Milieux Aquatiques - Master 1 « Sciences de l’eau » (Université Lyon 2)

• Depuis septembre 2023 : Maîtresse de Conférences à l’Université Lyon 1 (LEHNA, UMR 5023)

  2023 : Post-doctorat sur les communautés microbiennes de l’air à l’École Centrale de Lyon (Laboratoire Ampère, Écully, France) sous la direction de Catherine Larose

  2021-2022 : Chercheuse indépendante en écologie microbienne

  2016 – 2020 : Post-doctorat sur les communautés microbiennes des rivières à l’Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS, Université Laval, Québec, Canada) sous la direction de Steve Charette

  2015 : Post-doctorat au Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP, INRAE, Montferrier sur Lez, France) sous la direction de Jean-Yves Rasplus

  2010 – 2014 : Doctorat au Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes à l’Ifremer (LM2E, Brest, France) sur les communautés microbiennes sédimentaires associées aux écosystèmes chimiosynthétiques marins profonds, sous la direction de Marie-Anne Cambon et Anne Godfroy

  2010 : Stage de Master 2 au Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes à l’Ifremer (LM2E, Brest, France) sur les microorganismes associés à la crevette hydrothermale Rimicaris exoculata, sous la direction de Marie-Anne Cambon

  2007 – 2010 : École d’ingénieur des Industries Agro-alimentaires (AgroParisTech, Massy, France)

  2004-2007 : Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie à l’Université Paris VII, Denis Diderot (Paris, France)

   

• 2022
  
  Vigneron, A., Cruaud, P., Lovejoy, C. and Vincent W. F. (2022) Genomic evidence for functional diversity in DPANN Archaea; from oxic species to anoxic vampiristic consortia. ISME Communications. Doi : 10.1038/s43705-022-00088-6

  2021
  
  Vigneron, A., Cruaud, P., Culley, A. I., Couture, R.-M., Lovejoy, C. and Vincent W. F. (2021) Genomic evidence for sulfur intermediates as new biogeochemical hubs in a model aquatic microbial ecosystem. Microbiome. doi : 10.1186/s40168-021-00999-x

  Vigneron, A., Cruaud, P., Ducellier, F., Head, I. and Tsesmetzis, N. (2021). Syntrophic hydrocarbon degradation in a decommissioned off-shore subsea oil storage structure. Microorganisms. doi : 10.3390/microorganisms9020356

  Vigneron, A., Cruaud, P., Aubé, J., Guyoneaud, R. and Goni-Urriza, M. (2021) Transcriptomic evidence for versatile metabolic activities of mercury cycling microorganisms in brackish microbial mats. npj Biofilms and Microbiomes. doi: 10.1038/s41522-021-00255-y

  2020
  
  Cruaud, P., Vigneron, A., Dorea, C. C., Rodriguez, M. J. and Charette, S. J. (2020) Rapid changes in microbial community structures along a meandering river. Microorganisms. doi.org/10.3390/microorganisms8111631

  2019
  
  Vigneron, A., Cruaud P., Langlois, V., Lovejoy, C., Culley, A. I. and Vincent, W. F. (2019). Ultra-small and abundant : candidate phyla radiation bacteria are potential catalysts of carbon transformation in a thermokarst lake ecosystem. Limnology and Oceanography Letters. doi: 10.1002/lol2.10132

  Vigneron, A., Cruaud, P., Bhiry, N., Lovejoy, C. and Vincent, W. F. (2019) Microbial community structure and methane cycling potential along a thermokarst pond-peatland continuum. Microorganisms. doi: 10.3390/microorganisms7110486

  Cruaud, P., Decker, C., Olu, K., Arnaud-Haond, S., Papot, C., Le Baut, J., Vigneron, A., Khripounoff, A., Gayet, N., Cathalot, C., Caprais, J.-C., Pignet, P., Godfroy, A. and Cambon-Bonavita, M.-A. (2019) Ecophysiological differences between vesicomyid species and metabolic capabilities of their symbionts influence distribution patterns of the deep-sea clams. Marine Ecology. doi: 10.1111/maec.12541

  Cruaud, P., Vigneron, A., Fradette, M.-S., Dorea, C.C., Culley, A.I., Rodriguez, M.J. and Charette, S.J. (2019) Annual protist community dynamics in a freshwater ecosystem undergoing contrasted climatic conditions : the Saint-Charles River (Canada). Frontiers in Microbiology. doi: 10.3389/fmicb.2019.02359

  Vigneron, A., Lovejoy, C., Cruaud, P., Kalenitchenko, D.S. , Culley, A.I. and Vincent, W.F. (2019) Contrasting winter versus summer microbial communities and metabolic functions in a permafrost thaw lake. Frontiers in Microbiology. doi: 10.3389/fmicb.2019.01656

  Vigneron, A., Alsop, E.B., Cruaud, P., Philibert, G., King, B., Baksmaty, L., Lavallée, D., Lomans, B. P., Eloe-Fadrosh, E., Kyrpides, N., Head, I. and Tsesmetzis, N. (2019) Contrasting pathways for anaerobic methane oxidation in Gulf of Mexico cold seep sediments. mSystems. doi: 10.1128/mSystems.00091-18

  Cruaud, P., Vigneron, A., Fradette, M.-S., Dorea, C.C., Culley, A.I., Rodriguez, M.J., and Charette, S.J. (2019) Annual bacterial community cycle in a seasonally ice-covered river reflects environmental and climatic conditions. Limnology and Oceanography. doi: 10.1002/lno.11130

  2018
  
  Vigneron, A., Cruaud, P., Mohit, V., Martineau, M.-J., Culley, A.I., Lovejoy, C., and Vincent, W.F. (2018) Multiple strategies for light-harvesting, photoprotection, and carbon flow in high latitude microbial mats. Frontiers in Microbiology. doi: 10.3389/fmicb.2018.02881

  Vigneron, A., Cruaud, P., Alsop, E., de Rezende, J.R., Head, I.M., and Tsesmetzis, N. (2018) Beyond the tip of the iceberg; a new view of the diversity of sulfite- and sulfate-reducing microorganisms. The ISME Journal. doi: 10.1038/s41396-018-0155-4

  Haran, J., Delvare, G., Vayssieres, J.-F., Benoit, L., Cruaud, P., Rasplus, J.-Y., and Cruaud, A. (2018) Increasing the utility of barcode databases through high-throughput sequencing of amplicons from dried museum specimens, an example on parasitic hymenoptera (Braconidae). Biological Control. doi: 10.1016/j.biocontrol.2018.04.001

  2017
  
  Cruaud, P., Vigneron, A., Fradette, M.-S., Charette, S.J., Rodriguez, M.J., Dorea, C.C., and Culley, A.I. (2017) Open the Sterivex^TM casing: An easy and effective way to improve DNA extraction yields. Limnology and Oceanography: Methods. doi: 10.1002/lom3.10221

  Cruaud, P., Rasplus, J.-Y., Rodriguez, L.J., and Cruaud, A. (2017) High-throughput sequencing of multiple amplicons for barcoding and integrative taxonomy. Scientific Reports. doi: 10.1038/srep41948

  Cruaud, P., Vigneron, A., Pignet, P., Caprais, J.-C., Lesongeur, F., Toffin, L., Godfroy A. and Cambon-Bonavita M.-A. (2017) Comparative study of Guaymas Basin microbiomes: cold seeps vs. hydrothermal vents sediments. Frontiers in Marine Science. doi: 10.3389/fmars.2017.00417

  Vigneron, A., Alsop, E.B., Cruaud, P., Philibert, G., King, B., Baksmaty, L., Lavallée, D., Lomans, B. P., Kyrpides, N. C., Head, I. M. and Tsesmetzis, N. (2017) Comparative metagenomics of hydrocarbon and methane seeps of the Gulf of Mexico. Scientific Reports. doi: 10.1038/s41598-017-16375-5

  Rabouille, C., Olu, K., Baudin, F., Khripounoff, A., Dennielou, B., Arnaud-Haond, S., Babonneau N., Bayle C., Beckler J., Bessette S., Bombled B., Bourgeois S., Brandily C., Caprais J.-C., Cathalot C., Charlier K., Corvaisier R., Croguennec C., Cruaud P., Decker C., Droz L., Gayet N., Godfroy A., Hourdez S., Le Bruchec J., et al. (2017) The Congolobe project, a mul?disciplinary study of Congo deep-sea fan lobe complex: Overview of methods, strategies, observations and sampling. Deep Sea Research Part II : Topical Studies in Oceanography. doi: 10.1016/j.dsr2.2016.05.006

  2015
  
  Cruaud, P., Vigneron, A., Pignet, P., Caprais, J.-C., Lesongeur, F., Toffin, L., Godfroy A. and Cambon-Bonavita M.-A. (2015) Microbial communities associated with benthic faunal assemblages at cold seep sediments of the Sonora Margin, Guaymas Basin. Frontiers in Marine Science. doi: 10.3389/fmars.2015.00053

  Portail, M., Olu, K., Escobar-Briones, E., Caprais, J.-C., Menot, L., Waeles, M., Cruaud P., Sarradin P. M., Godfroy A. and Sarrazin J. (2015) Comparative study of vent and seep macrofaunal communities in the Guaymas Basin. Biogeosciences. doi: 10.5194/bg-12-5455-2015

  2014
  
  Vigneron, A., Cruaud, P., Roussel, E.G., Pignet, P., Caprais, J.-C., Callac, N., Ciobanu M.-C., Godfroy A., Cragg B. A., Parkes J. R., Van Nostrand J. D., He Z., Zhou J. and Toffin L. (2014) Phylogenetic and functional diversity of microbial communities associated with subsurface sediments of the Sonora Margin, Guaymas Basin. PLoS ONE. doi: 10.1371/journal.pone.0104427

  Cruaud, P., Vigneron, A., Luccheti-Miganeh, C., Ciron, P.E., Godfroy, A., and Cambon-Bonavita, M.-A. (2014). Influence of DNA extraction method, 16S rRNA targeted hypervariable regions, and sample origin on microbial diversity detected by 454 pyrosequencing in marine chemosynthetic ecosystems. Applied and Environmental Microbiology. doi: 10.1128/AEM.00592-14

  Vigneron, A., Cruaud, P., Pignet, P., Caprais, J.-C., Gayet, N., Cambon-Bonavita, M.-A., Godfroy A. and Toffin L. (2014) Bacterial communities and syntrophic associations involved in anaerobic oxidation of methane process of the Sonora Margin cold seeps, Guaymas Basin. Environmental Microbiology. doi: 10.1111/1462-2920.12324

  2013
  
  Vigneron, A., Cruaud, P., Pignet, P., Caprais, J.-C., Cambon-Bonavita, M.-A., Godfroy, A., and Toffin, L. (2013) Archaeal and anaerobic methane oxidizer communities in the Sonora Margin cold seeps, Guaymas Basin (Gulf of California). The ISME Jounal. doi: 10.1038/ismej.2013.18