DALL'AGNOL Mathieu
Master 2 : BAH
Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE
Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
STAGE M2 BEE PARCOURS EAUBE
Titre: étude multi-approches de la population relictuelle d’écrevisses à pattes blanches (Austropotamobius pallipes) du ruisseau des Razes dans un contexte de restauration de l’habitat et d’aménagements hydrauliques.
Dans le cadre du projet, le stage en écologie abordera des questions autour de la planification de la conservation, de la restauration écologique (restauration des habitats ; réduction de la pollution) et/ou de l’impact d’aménagements futurs (en lien notamment à l’urbanisation) sur la population d’écrevisses à pattes blanches (Austropotamobius pallipes) du ruisseau des Razes. Le but étant de protéger l’environnement de cette espèce menacée dans un contexte péri-urbain, d’ isolement de la population d’écrevisses (dernière population du bassin de l'Yzeron) et de changement climatique. En adoptant une approche intégrative multi-approches (synthèse bibliographique, techniques moléculaires, prélèvement de macro-invertébrés, relevés physico-chimiques, analyse de bases de données de suivi temporel de la population, SIG), et en collaboration avec le SAGYRC et les autres participants à la grappe, l’ étudiant produira et assemblera des connaissances (délimitation de la distribution de l’espèce par des méthodes d’ADNe, abondance d’individus, dynamique de la population) afin d’aider le SAGYRC à développer une méthodologie qui leur permette de mieux suivre la dynamique de cette population dans le temps, de prévoir les impacts potentiels d’aménagements futurs et d’identifier les mesures les plus adaptées pour favoriser la conservation de cette espèce et son maintien dans les Razes sur le long terme.
Matériels et méthodes :
- Délimitation de la distribution de l’espèce dans le ruisseau : Celle-ci se ferait par des analyses d’ADN environnemental. Ces méthodes permettent d’estimer l’occurrence d’une espèce à un endroit donné par la détection de petits fragments d’ADN propres à l’espèce dans le milieu (dans ce cas précis, des échantillons d’eau prélevés dans le ruisseau). Deux campagnes d’échantillonnages sont prévues : une très tôt au début du stage et une plus tard, afin de pouvoir caractériser des différences saisonnières dans la distribution de la population. Pour chaque campagne, une dizaine de prélèvements seraient nécessaires. Ces prélèvements seraient ensuite analysés dans la plateforme de biologie moléculaire de l’Université de Poitiers.
- Recherche de présence d’écrevisses sur d’autres affluents de l'Yzeron : La méthode d’ADN environnemental décrite ci-haut sera déployée dans d’autres affluents afin de vérifier s’il y a détection de présence (i) d’écrevisses à patte blanche et (ii) d’écrevisses invasives, notamment Pacifastacus leniusculus.
- Caractérisation de la diversité génétique de la population : La variation génétique de la population des Razes sera caractérisée afin de déterminer son état de santé génétique (diversité, taille efficace, consanguinité). Ces données seront comparées à celles obtenues au préalable pour d’autres populations en France. Une demande d’autorisation de prélèvement de tissu (prélèvement d’un appendice articulé) devra être faite auprès de la DREAL au préalable. L’ADN sera extrait à l’Université de Lyon, et le génotypage par séquençage (SSRseq) se fera à la plateforme de génomique et transcriptomique de l’INRAE à Bordeaux.
- Prélèvements de macroinvertébrés : des prélèvements de macro invertébrés seront réalisés à l’aide de surbers tout le long du cours d’eau, afin de déterminer la distribution et l’abondance des groupes taxonomiques dont l’écrevisse se nourrit le long du cours d’eau.
- Mesures physico chimiques :un certain nombre de paramètres physico chimiques (conductivité, oxygène dissous, PH) seront mesurés lors des échantillonnages grâce à des sondes multi-paramètres
