M2_CAPITAINE Clémentine
Master 2 : E2C
Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE
-
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Clémentine Capitaine – Stagiaire M2, équipe E2C
M2 Biodiversité, Ecologie, Evolution, Lyon 1 - Parcours génomique environnementale
Sujet de stage : Impact des pollutions lumineuse et sonore sur les communautés
bactériennes du crapaud commun au stade têtard
Je réalise mon stage au Laboratoire d'Écologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
dans le cadre d’un projet visant à évaluer l’impact de la pollution lumineuse nocturne et de la
pollution sonore sur les zones humides. Ces milieux jouent un rôle écologique prépondérant
pour le climat, la biodiversité et le cycle de l’eau. Mon travail porte plus spécifiquement sur la
caractérisation des effets de ces deux pollutions anthropiques sur l’immunité et les
communautés bactériennes du crapaud commun (Bufo bufo), espèce sentinelle des zones
humides.
Encadrante principale :
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Dr Louise Cheynel (post-doctorante)
Autres référents :
●
●
Dr Nathalie Mondy (Professeure, HDR)
Dr Thierry Lengagne (Chargé de Recherche, HDR)
Pour plus de détails :
Pipeline et analyses
Les données sur lesquelles je travaille proviennent d’un séquençage metabarcoding réalisé
à partir de prélèvements du microbiote cutané et intestinal de têtards élevés en conditions
contrôlées. Des échantillons de leur environnement originel (gangue) et expérimental (eau)
ont également été prélevés afin d’analyser la provenance des communautés microbiennes.
Ces conditions ont été conçues selon un design croisé combinant exposition à la pollution
lumineuse et à la pollution sonore. Le pipeline d’analyse inclut :
1. Traitement bio-informatique :
○
Pipeline de préparation des données brutes de séquençage 16s (boucle V4).
○
Attribution taxonomique à partir des bases de données de référence.
2. Analyses statistiques :
○
Calcul de la diversité alpha et bêta des communautés bactériennes.
○
Tests statistiques pour évaluer les effets spécifiques et combinés des
pollutions lumineuse et sonore sur la composition et la diversité bactérienne.
Mon stage se concentre donc exclusivement sur l’analyse de données, avec un volet
important de bio-informatique et de statistiques, dans le but d’identifier les réponses de
l’immunité et du microbiote à ces deux types de pollutions.
Clémentine Capitaine – M2 Intern, E2C Team
M2 Biodiversité, Ecologie, Evolution, Lyon 1 - Parcours génomique environnementale
Internship Topic: Impact of light and noise pollution on the bacterial communities of
common toad tadpoles
I am conducting my internship at LEHNA as part of a project aimed at assessing the impact
of light and noise pollution on wetlands. These ecosystems play a crucial ecological role in
regulating the climate, supporting biodiversity, and maintaining the water cycle. My work
focuses specifically on characterizing the effects of these two anthropogenic pollutants on
the immunity and bacterial communities of the common toad (Bufo bufo), a sentinel species
of wetland habitats.
Primary Supervisor:
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Dr. Louise Cheynel (Postdoctoral Researcher)
Additional Supervisors:
●
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Dr. Nathalie Mondy (Professor, HDR)
Dr. Thierry Lengagne (Senior Researcher, HDR)
Details:
Pipeline and Analyses
The data I am working on comes from metabarcoding sequencing performed on skin and gut
microbiota samples from tadpoles raised under controlled conditions. Samples were also
collected from their original environment (egg jelly) and experimental conditions (water) to
analyze the origin of microbial communities. These controlled conditions were designed
using a crossed experimental setup combining exposure to light and noise pollution.
Bioinformatics Pipeline:
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Processing raw sequencing data from the 16S rRNA gene (V4 loop).
Taxonomic assignment using reference databases.
Statistical Analyses:
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Calculation of alpha and beta diversity in bacterial communities.
Statistical tests to evaluate the specific and combined effects of light and noise
pollution on bacterial composition and diversity.
My internship is entirely focused on data analysis, with significant emphasis on
bioinformatics and statistical approaches, to identify how immunity and microbiota respond
to these two types of pollution.
