M2_CASTEL Emma
Master 2 : E2C
Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
6, rue Raphaël Dubois - Bât. Forel
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE
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Mon stage de fin d’études s’inscrit dans le cadre de la thèse de Benjamin Monod-Broca,
portant sur la résilience démographique et le potentiel adaptatif des populations de Sonneur
à ventre jaune (Bombina variegata) face aux effets synergiques de l’anthropisation et du
changement climatique.
Lors de mon stage, j’adopterai une approche alliant biodémographie et génomique, en
combinant des données de Capture-Marquage-Recapture (CMR) et des données de RAD-seq
couvrant une trentaine de populations en Europe de l’Ouest.
Dans ce cadre, je serai amenée en particulier à comparer les tailles de populations estimées
par des méthodes démographiques (ou “census size”, Nc) avec les tailles efficaces obtenue à
partir de données génomiques (Ne). La Nc représente le nombre d'individus adultes présents
dans une population à un moment donné, tandis que Ne correspond au nombre d'individus
théorique qui contribueraient équitablement à la transmission de la diversité génétique à la
génération suivante. Ces deux valeurs diffèrent souvent, Nc étant généralement supérieur à
Ne, en raison de divers facteurs comme les fluctuations démographiques, les biais de sex-ratio
ou encore les événements stochastiques comme la dérive génétique. Ces différences reflètent
les processus biologiques et écologiques qui influencent la structure et la résilience des
populations. Le rapport Ne/Nc prend aujourd’hui une place centrale en biologie de la
conservation (e. g. Hoban et al. 2020), rendant cruciale l’étude des variabilités intraspécifiques
de ce ratio pour supporter son utilisation appliquée.
Mon stage s'articule donc autour de deux axes : une partie biodémographique, où mon travail
intégrera la poursuite de suivis par capture-marquage-recapture (CMR), ainsi que leur
assemblage et les analyses permettant d’estimer les paramètres démographiques (survie,
recrutement, Nc) ; et une partie génomique, visant à calculer les Ne à partir des données
génomiques. En connectant ces deux dimensions, le projet vise à mieux comprendre les
relations entre Nc et Ne, ainsi qu'à identifier les mécanismes expliquant les écarts observés
dans ce système d'étude.
