COUTON Marjorie

Post-doctorant : E3S

Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
3, rue Raphaël Dubois - Bât. Darwin C
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE

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  Mon travail de recherche vise à identifier les déterminants de la composition et de la structure des communautés aquatiques et à comprendre l’impact des pressions anthropiques sur la biodiversité. Je développe et utilise des méthodes moléculaires, notamment basées sur l’ADN environnemental afin d’étudier la totalité des organismes présents dans un milieu (des bactéries aux vertébrés) et de cibler les différentes composantes de la biodiversité (taxonomique, génétique, phylogénétique, fonctionnelle). Je m’intéresse tout particulièrement aux milieux souterrains qui sont encore largement inexplorés et pour lesquels l’effet des actions anthropiques sont méconnus. Une partie de ma recherche est également dédiée au développement de méthodes et outils pour soutenir la surveillance environnementale et la mise en place de mesures de protection des écosystèmes.

  My research aims to identify the determinants of the composition and structure of aquatic communities and to understand the impact of anthropogenic pressures on biodiversity. I develop and use molecular methods, notably based on environmental DNA, to study all organisms present in an environment (from bacteria to vertebrates) and to target the different components of biodiversity (taxonomic, genetic, phylogenetic, functional). I'm particularly interested in underground environments, which are still largely unexplored and for which the effects of anthropogenic actions are poorly understood. Part of my research is also dedicated to the development of methods and tools to support biomonitoring and the implementation of ecosystem protection measures.

• Depuis Mai 2025 : Post-doctorat dans l’UMR 5023 LEHNA à l’université de Lyon 1 (France) sur l’étude de l’impact des stations d’épurations sur les communautés de macroinvertébrés benthiques dans les cours d’eau intermittents, encadrée par Tristan Lefébure et Thibault Datry

  2021-2025 : Post-doctorat à l’Institut Fédéral Suisse des Sciences et Technologies de l’Eau (EAWAG) de Dübendorf (Suisse) sur l’étude des communautés souterraines grâce à des méthodes basées sur l’ADN environnemental, encadrée par Florian Altermatt

  2017-2020 : Doctorat dans l’UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin à la station biologique de Roscoff (France) sur l’utilisation d’outils de séquençage à haut-débit pour la détection des espèces non-indigènes marines dans les communautés portuaires, encadrée par Frédérique Viard et Thierry Comtet

  2017 : Stage de Master 2 dans l’UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin à la station biologique de Roscoff (France) sur l’utilisation du métabarcoding pour détecter des espèces non-indigènes marines, encadrée par Frédérique Viard et Thierry Comtet

  2015-2017 : Master en Bioinformatique à l’université de Nantes (France)

  2011-2012 : Stage de Master 2 dans le “Freshwater Ecology Group” de l’université de Tromsø (Norvège) sur la radiation évolutive des corégones lavaret dans les lacs finlandais, encadrée par Per-Arne Amundsen, Rune Knudsen et Kim Præbel

  2010-2012 : Master en Génétique des populations à l’université de Tromsø (Norvège)

  2007-2010 : Licence en Biologie de l’Environnement à l’université de Nantes (France)

• Sous presse
  
  Altermatt F*, Couton M*, Carraro L, Keck F, Lawson-Handley L, Leese F, Zhang X, Zhang Y, and Blackman RC. Utilising aquatic environmental DNA to address global biodiversity targets. Nature Reviews Biodiversity 00:1-15. https://doi.org/10.1038/s44358-025-00044-x

  Keck F, Peller T, … Couton M, et al. The global human impact on biodiversity. Nature 641:395-400. https://doi.org/10.1038/s41586-025-08752-2

  2024
  
  Knüsel M, Couton M, Alther R, and Altermatt F. 2024. Temporal consistency and spatial variability in detection: implications for monitoring of macroinvertebrates from shallow groundwater aquifers. Subterranean biology 49:139-161. https://doi.org/10.3897/subtbiol.49.132515

  Blackman RC, Couton M, Keck F, Kirschner D, Carraro L, Cereghetti E, Perrelet K, Bossart R, Brantschen J, Zhang Y, and Altermatt F. 2024. Environmental DNA: The next chapter. Molecular Ecology 33(11): e17355. https://doi.org/10.1111/mec.17355

  2023
  
  Couton M, Studer A, Hürlemann S, Locher N, Knüsel M, Alther R, and Altermatt F. 2023. Integrating citizen science and environmental DNA metabarcoding to study biodiversity of groundwater amphipods in Switzerland. Scientific Reports 13:18097. https://doi.org/10.1038/s41598-023-44908-8

  Couton M, Viard F, and Altermatt F. 2023. Opportunities and inherent limits of using environmental DNA for population genetics. Environmental DNA 5(5):1048-1064. https://doi.org/10.1002/edn3.448

  Couton M, Hürlemann S, Studer A, Alther R, and Altermatt F. 2023. Groundwater environmental DNA metabarcoding reveals hidden diversity and reflects land-use and geology. Molecular Ecology 32(13):3497-3512. https://doi.org/10.1111/mec.16955

  2022
  
  Keck F, Couton M, and Altermatt F. 2022. Navigating the seven challenges of taxonomic reference databases in metabarcoding analyses. Molecular Ecology Resources 00:1-14. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13746

  Couton M, Lévêque L, Daguin-Thiébaut C, Comtet T, and Viard F. 2022. Water eDNA metabarcoding is effective in detecting non-invasive species in marinas, but detection errors still hinder its use for passive monitoring. Biofouling 38(4):367-383 https://doi.org/10.1080/08927014.2022.2075739

  Keck F, Blackman RC, Bossart R, Brantschen J, Couton M, Hürlemann S, Kirschner D, Locher N, Zhang H, and Altermatt F. 2022. Meta-analysis shows both congruence and complementarity of DNA and eDNA metabarcoding to tradition methods for biological community assessment. Molecular Ecology 31(6):1820-1835. https://doi.org/10.1111/mec.16364

  2021 
  
  Couton M, Baud A, Daguin-Thiébaut C, Corre E, Comtet T, and Viard F. 2021. High-throughput sequencing on preservative ethanol is effective at jointly examining infraspecific and taxonomic diversity, although bioinformatics pipelines do not perform equally. Ecology and Evolution 11(10):5533-5546. https://doi.org/10.1002/ece3.7453

  2020
  
  Couton M, Comtet T, Le Cam S, Corre E, and Viard F. 2020. Metabarcoding on planktonic larval stages: an efficient approach for detecting and investigating life cycle dynamics of benthic aliens. Management of Biological Invasions 10(4):657-689. https://doi.org/10.3391/mbi.2019.10.4.06

  2018
  
  Charrier NP, Couton M, Voordouw MJ, Rais O, Durand-Hermouet A, Hervet C, Plantard O, and Rispe C. 2018. Whole body transcriptomes and new insights into the biology of the tick Ixodesricinus. Parasites and Vectors 11:364. https://doi.org/10.1186/s13071-018-2932-3

  2016
  
  Prӕbel K, Couton M, Knudsen R, and Amundsen P-A. 2016. Genetic consequences of allopatric and sympatric divergence in Arctic charr (Salvelinus alpinus (L.)) from Fjellfrosvatn as inferred by microsatellite markers. Hydrobiologia 783(1):257-267. https://doi.org/10.1007/s10750-016-2648-3