KONECNY-DUPRE Lara AI-UCBL
Assistance Technique : E3S SC
Assistance technique : Pôle Technique
Référent Technique : Ecologie Moléculaire
Université Lyon 1
CNRS, UMR 5023 - LEHNA,
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
3, rue Raphaël Dubois - Bât. Darwin C
F-69622 Villeurbanne Cedex FRANCE
(+33) 04 72 43 29 56 (+33) 04 72 43 11 41
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Je suis rattachée à l'équipe "Ecologie, Evolution, Ecosystèmes Souterrains" (E3S), et au plateau technique de biologie moléculaire de l'UMR 5023.
- Mes missions :
- Assistance aux projets de recherche du laboratoire : analyses moléculaires de la biodiversité.
- Gestionnaire du plateau technique de biologie moléculaire de l'UMR 5023 : accueil, formation et encadrement des utilisateurs de la plateforme. Mise en service, maintenance et entretien courant du matériel et des appareils. Gestion des stocks des produits et consommables, répartition des frais sur les équipes utilisatrices. Respect des règles d'hygiène et de sécurité.
- Les techniques de biologie moléculaire que j'utilise au LEHNA : extraction d'ADN et d'ARN d'organismes non-modèles (insectes, crustacés, amphibiens, oligochètes, poissons, gastéropodes), amplification par PCR (PCR d'identification moléculaire, PCR pour séquençage de gènes, PCR multiplex de marqueurs microsatellites pour génotypage, RT-PCR), clonage moléculaire, préparation de librairies pour séquençage haut débit du transcriptome sur Illumina HiSeq2000, mesure de la taille du génome par cytométrie en flux, définition d'amorces PCR.
- Logiciels utilisés : FinchTV, Seaview, CodonCode Aligner, GenMarker, Word, Excel, Powerpoint et bases de données internet.
- Mes missions :
- Assistance aux projets de recherche du laboratoire : analyses moléculaires de la biodiversité.
- Gestionnaire du plateau technique de biologie moléculaire de l'UMR 5023 : accueil, formation et encadrement des utilisateurs de la plateforme. Mise en service, maintenance et entretien courant du matériel et des appareils. Gestion des stocks des produits et consommables, répartition des frais sur les équipes utilisatrices. Respect des règles d'hygiène et de sécurité.
- Les techniques de biologie moléculaire que j'utilise au LEHNA : extraction d'ADN et d'ARN d'organismes non-modèles (insectes, crustacés, amphibiens, oligochètes, poissons, gastéropodes), amplification par PCR (PCR d'identification moléculaire, PCR pour séquençage de gènes, PCR multiplex de marqueurs microsatellites pour génotypage, RT-PCR), clonage moléculaire, préparation de librairies pour séquençage haut débit du transcriptome sur Illumina HiSeq2000, mesure de la taille du génome par cytométrie en flux, définition d'amorces PCR.
- Logiciels utilisés : FinchTV, Seaview, CodonCode Aligner, GenMarker, Word, Excel, Powerpoint et bases de données internet.
- 2023 Langlet, D., Mermillod-Blondin, F., Deldicq, N., Bauville, A., Duong, G., [...] Konecny, L., [...] Bouchet, V.M.P., 2023 - Single-celled bioturbators: benthic foraminifera mediate oxygen penetration and prokaryotic diversity in intertidal sediment. Biogeosciences, 20 (23), pp.4875-4891. ⟨10.5194/bg-20-4875-2023⟩2022 David, P., Degletagne, C., Saclier, N., Jennan, A., Jarne, P., Plénet S., Konecny, L., François C., Guégen, L., Garcia, N., Lefébure, T., Luquet, E. Extreme mitochondrial DNA divergence underlies genetic conflict over sex determination. Current Biology, 32 : 2325-2333. ⟨10.1016/j.cub.2022.04.014⟩2022 Touzot, M., Lefebure, T., Lengagne, T., Secondi, J., Dumet, A., Konecny-Dupré, L., Veber, P., Navratil, V., Duchamp, C., Mondy N., 2022 - Transcriptome-wide deregulation of gene expression by artificial light at night in tadpoles of common toads. Science of the Total Environment, 818, pp.151734. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.151734⟩2022 Verdier, E., Konecny‐dupré, L., Marquette, C., Reveron, H., Tadier, S., Grémillard, L., Barthès, A., Datry, T., Bouchez, A., Lefébure, T., 2022 - Passive sampling of environmental DNA in aquatic environments using 3D‐printed hydroxyapatite samplers. Molecular Ecology Resources. 22:2158-2170. ⟨10.1111/1755-0998.13604⟩2021 Creuzé des Châtelliers, M., Dolédec, S., Lafont, M., Dole-Olivier, M.J., Konecny, L., Marmonier, P., 2021 - Are hyporheic oligochaetes efficient indicators of hydrological exchanges in river bed sediment? A test in a semi-natural and a regulated river. River Research and Applications, 37:399–407. ⟨10.1002/rra.3758⟩2020 Gauthier, M., Konecny-Dupré, L., Nguyen, A., Elbrecht, V., Datry, T., Douady, C.J., Lefébure, T.. 2020 - Enhancing DNA metabarcoding performance and applicability with bait capture enrichment and DNA from conservative ethanol. Molecular Ecology Resources, 20 : 79-86.2020 Malard, F., Grison, P., Duchemin, L., Konecny‐Dupré, L., Lefébure, T., Saclier, N., Eme, D., Martin, C., Callou, C., Douady, C.J. GOTIT: A laboratory application software for optimizing multi‐criteria species‐based research. Methods Ecol Evol., 11:159-167.2020 Saclier, N., Chardon, P., Malard, F., Konecny-Dupré, L., Eme, D., Bellec, A., Breton, V., Duret, L., Lefébure, T., Douady, C.J., 2020 - Bedrock radioactivity influences the rate and spectrum of mutation. eLife, 9:e56830.2019 Marmonier, P., Olivier, M.J., Creuzé des Châtelliers, M., Paran, F., Graillot, D., Winiarski, T., Konecny-Dupré, L., Navel, S., Cadilhac, L., 2019 - Does spatial heterogeneity of hyporheic fauna vary similarly with natural and arti␣cial changes in braided river width ? Science of the Total Environment, 689 : 57–69.2018 Eme D., Zagmajster M., Delić T., Fišer C., Flot J.-F., Konecny-Dupré L., Pálsson S., Stoch F., Zakšek V., Douady C. J., Malard F., 2018 - Do cryptic species matter in macroecology? Sequencing European groundwater crustaceans yields smaller ranges but does not challenge biodiversity determinants. Ecography, 41: 424–436.2018 Saclier, N., Francois, C.M., Konecny-Dupré, L., Lartillot, N., Guéguen, L., Duret, L., Malard, F., Douady, C.J., Lefébure, T., 2018 - Life History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods. Molecular Biology and Evolution, 25(12) : 2900-2912.2017 Bouzid, S., Konecny, L., Grolet, O., Douady, C.J., Joly, P., Bouslama, Z., 2017 - Phylogeny, age structure, growth dynamics and colour pattern of the Salamandra algira algira population in the Edough massif, northeastern Algeria. Amphibia-Reptilia, 38 (4), 461 - 471.2017 Cayuela, H., Léna, J.P., Lengagne, T., Kaufmann, B., Mondy, N., Konecny, L., Dumet, A., Vienney, A., Joly, P., 2017 - Relatedness predicts male mating success in a pond-breeding amphibian. Animal Behaviour, 130 : 251-261.2017 Lefébure, T., Morvan, C., Malard, F., François, C., Konecny-Dupré, L., Guéguen, L., Weiss-Gayet, M., Seguin-Orlando, A., Ermini L., Der Sarkissian, C., Charrier, N.P., Eme, D., Mermillod-Blondin, F., Duret, L., Vieira, C., Orlando, L., Douady, C., 2017 - Less effective selection leads to larger genomes. Genome Research, 27 : 1016-1028.2017 Malard, F., Capderrey, C., Churcheward, B., Eme, D., Kaufmann, B., Konecny-Dupré, L., Léna, J.P., Liébault, F., Douady, C.J., 2017 - Geomorphic influence on intraspecific genetic differentiation and diversity along hyporheic corridors. Freshwater Biology, 62:1955–1970.2016 Francois, C.M., Duret, L., Simon, L., Mermillod-Blondin, F., Malard, F., Konecny-Dupré, L., Planel, R., Penel, S., J. Douady, C., Lefébure, T., 2016 - No evidence that nitrogen limitation influences the elemental composition of isopod transcriptomes and proteomes. Molecular Biology and Evolution, 33(10) : 2605–2620.2014 Eme, D., Malard, F., Colson–Proch, C., Jean, P., Calvignac, S., Konecny–Dupré, L., Hervant, F., Douady, C.J., 2014 - Integrating phylogeography, physiology, and habitat modelling to explore species range déterminants. Journal of Biogeography, 41 : 687-699.
2013 Capderrey, C., Kaufmann, B., Jean, P., Malard, F., Konecny-Dupré, L., Lefébure T., Douady, C.J., 2013 - Microsatellite Development and First Population Size Estimates for the Groundwater Isopod Proasellus walteri. PLoS One, 8(9) e76213 : 1-10.
2013 Eme, D., Malard, F., Konecny-Dupré, L., Lefébure, T., Douady, C.J., 2013 - Bayesian phylogeographic inferences reveal contrasting colonization dynamics among European groundwater isopods. Molecular Ecology. 22 : 5685-5699.
2013 Morvan, C., Malard, F., Paradis, E., Lefébure, T., Konecny-Dupré, L ., Douady, C.J., 2013 - Timetree of Aselloidea Reveals Species Diversification Dynamics in Groundwater. Systematic Biology, 62(4): 512–522.
