UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés


  • 001
  • 002
  • 003
  • 004
  • 005
  • 006
  • 007
  • 008
  • 009
  • 010
  • 011
  • 012
  • 013
  • 014
  • 015
  • 016
  • 017
  • 018
  • 019
  • 020
  • 021
  • 022
  • 023
  • 024
logo LEHNA

UMR CNRS 5023

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes
Naturels et Anthropisés

Soutenance de la thèse de Héloïse VERDIER

Jeudi 8 décembre 2022 à 14h à l’amphithéâtre de la BU de l'Université Lyon 1 (Domaine de la Doua, 20 Avenue Gaston Berger, 69100 Villeurbanne). 

Titre de la thèse :
L'ADN environnemental pour la bioindication du futur : aspects fondamentaux, méthodologiques et applicabilité en rivière intermittente.
 
Le Jury sera composé de :
- Sophie Arnaud-Haond, Chargée de Recherches à l'Ifremer-MARBEC de Montpellier (rapportrice),
- Claude Miaud, Directeur d'Études à l'EPHE-CEFE, Montpellier (rapporteur)
- Aurélie Bonin, Directrice générale de la société Argaly, Saint Hélène du Lac (examinatrice)
- Sandrine Charles, Professeure des Universités, UCBL, Lyon (examinatrice).

Directeurs de thèse  :
- Tristan Lefébure, Maitre de Conférences LEHNA-UCBL
- Thibault Datry, Directeur de Recherche, INRAE Villeurbanne


Résumé : 

Dans un contexte de dégradation généralisée des écosystèmes d’eau douce et d’érosion de la biodiversité, une surveillance accrue de l’état écologique de ces milieux est indispensable. L'évaluation de l’état écologique des eaux douces est généralement réalisée par le biais d’inventaires des communautés biologiques qui y résident, indicatrices de la qualité de l’écosystème (e.g. ichtyofaune, macro-invertébrés benthiques, diatomées, macrophytes). Quel que soit le groupe bioindicateur ciblé, les méthodes d’inventaires sont basées sur la capture des organismes vivants, leur identification à partir de leurs traits morphologiques et le calcul d’indices de qualité du milieu par rapport à un écosystème de référence. En plus d’être extrêmement invasives, ces méthodes s’avèrent inopérantes voire impossibles à mettre en œuvre dans certains milieux complexes, en raison de leur dynamisme, de leur inaccessibilité et du manque de connaissances des espèces qui les peuplent (i.e. rivières intermittentes, eaux souterraines). L’émergence des approches moléculaires pour l’étude de la biodiversité offre des perspectives nouvelles pour intégrer ces écosystèmes complexes dans la bioindication. Plus particulièrement, l’échantillonnage de l’ADN relargué par les organismes vivants dans leur milieu, appelé ADN environnemental (ADNe), permet de détecter la présence d’espèces à partir d’échantillons prélevés dans l’environnement (e.g. eau, sédiments). L’ADNe offre la possibilité d’inventorier la biodiversité de manière non-invasive, et ce même dans les milieux les plus dynamiques et difficiles d’accès. Néanmoins, le manque de connaissances fondamentales sur la dynamique de l’ADNe et les verrous méthodologiques limitent son application pour la bioindication.

Les enjeux de cette thèse sont i) de mieux comprendre les caractéristiques et la dynamique des ADNe relargués par les organismes vivants, ii) de développer un outil d’échantillonnage standardisé et applicable à une large variété d’habitats et iii) d’explorer le potentiel d’approches basées sur l’ADNe pour la bioindication d’un milieu complexe et dynamique, en comparaison avec les inventaires conventionnels.

 
Site de la Doua
Université Claude Bernard - Lyon I
CNRS, UMR 5023 - LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés)
3-6, rue Raphaël Dubois - Bâtiments Darwin C & Forel, 69622 Villeurbanne Cedex
43, Boulevard du 11 novembre 1918
Plan d'accès
Tél. : (33) 4 72 43 29 53 - Fax : (33) 4 72 43 11 41
Site de Vaulx-en-Velin
ENTPE
CNRS, UMR 5023 - LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés)
3, rue Maurice Audin
69518 Vaulx-en-Velin
Plan d'accès
Tél : (33) 04 72 04 70 56 - Fax : (33) 04 72 04 77 43